1、外观。
主板上的SATA2和SATA3接口基本相同，不过很多主板上为了让用户区分开SATA2和SATA3硬盘接口，往往会标注不同的颜色。大多数支持SATA3接口的主板SATA2接口为黑色，而SATA3接口颜色则为黄色/白色/蓝色等。
SATA2和SATA3主板硬盘接口外观基本相同，很多中低端主板中依旧采用 SATA 2和 SATA 3双接口混合模式，像AMD平台的A75，Intel平台的B75、H81、B85主板均为 SATA 2和 SATA 3双接口混合模式，而一些中高端主板，如A88、H87、Z87等主板则全为SATA3.0接口。
2、传输速率。
SATA2.0：理论最高传输速率为3.0Gb/s。
SATA3.0：理论最高传输速率为6.0Gb/s，如果硬盘是SATA3.0的，那么数据线也要配SATA3.0的才能达到最高速度。如果用了SATA2.0的数据线，读取速度就降到3.0Gb/s。
3、NCQ技术。
SATA2.0：NCQ技术可以对硬盘的指令执行顺序进行优化，避免像传统硬盘那样机械地按照接收指令的先后顺序移动磁头读写硬盘的不同位置，与此相反，它会在接收命令后对其进行排序，排序后的磁头将以高效率的顺序进行寻址，从而避免磁头反复移动带来的损耗，延长硬盘寿命。
SATA3.0：比SATA2.0增加了NCQ的指令数目，包括为实时性的资源提供优先处理，主要用于影像及音像传输方面。此外SATA 3.0同时会为正被系统处理中的资源作优先安排，大大提升了系统的执行效率。
4、兼容性。
SATA 3.0接口可以兼容SATA 2.0接口和SATA 1.0接口，SATA 2.0接口可以兼容SATA 1.0接口。但是SATA 1.0接口不能兼容SATA 2.0接口和SATA 3.0接口，SATA 2.0接口不能兼容SATA 3.0接口。
接口类型SATA 2.0和SATA 3.0是否兼容和通用问题，其实SATA 3.0属于SATA 2.0下一代升级版，往下是完全兼容的，就像USB3.0和USB2.0关系一样，两者是互相兼容的。
参考资料来源：百度百科-SATA2.0接口
参考资料来源：百度百科-SATA3.0接口