合法，因为按照
住建部规定，房屋实行分类管理，你们的房屋属于住宅类用房，是不可以作为办公类房屋使用的。房屋使用分类管理是
房管局管理权限，按照你说的情况，应当是房管局要求清理了，所以单位进行清理。这样不要说产权在单位，即使在你们个人也是要清理的，因为房管局对管理人，而单位是管理人，你们不能需要管理的时候找单位，对自己不利的时候就不让单位管理了。
可以采取补救措施，就是申请更改房屋用途，你们可以一起找单位，要求单位申请更改房屋用途，你们个人是不能申请的。即使你们个人可以申请也没有单位申请方便，且费用会很高。