东南大学有34个院系、87个本科专业。
1.建筑学院：建筑学、城乡规划、风景园林
2.机械工程学院：机械工程、工业工程
3.能源与环境学院：能源与动力工程、建筑环境与能源应用工程、核工程与核技术、新能源科学与工程、环境工程
4.信息科学与工程学院：海洋信息工程、信息工程
5.土木工程学院：土木工程、给排水科学与工程、工程管理、智能建造、工程力学
6.电子科学与工程学院：电子科学与技术
7.数学学院：数学与应用数学、信息与计算科学、统计学
8.自动化学院：自动化、机器人工程
9.计算机科学与工程学院：计算机科学与技术
10.物理学院：应用物理学、物理学
11.生物科学与医学工程学院：生物医学工程、生物信息学、智能医学工程
12.材料科学与工程学院：材料科学与工程
13.人文学院：社会学、汉语言文学、旅游管理、哲学、政治学与行政学
14.经济管理学院：信息管理与信息系统、电子商务、物流管理、工商管理、会计学、国际经济与贸易、金融学、经济学、金融工程
15.电气工程学院：电气工程及其自动化
16.化学化工学院：制药工程、化学工程与工艺、化学
17.外国语学院：英语、日语
18.交通学院：交通工程、交通运输、港口巷道与海岸工程、城市地下空间工程、道路桥梁与渡河工程、智慧交通
19.仪器科学与工程学院：智能感知工程、测控技术与仪器
20.艺术学院：动画、美术学、产品设计、艺术史论
21.法学院：法学
22.医学院：医学检验技术、临床医学（5+3一体化培养）、临床医学、医学影像学
23.公共卫生学院：预防医学、劳动与社会保障
24.吴健雄学院：信息工程等四年制理工科
25.软件学院：软件工程
26.网络空间安全学院：网络空间安全、密码科学与技术
27.人工智能学院：人工智能
28.生命科学与技术学院：生物工程、生物科学
29.集成电路学院：信息工程、电子科学与技术、物联网工程