四大书院是：应天府书院、岳麓书院、白鹿洞书院、嵩阳书院。
1、应天府书院
应天府书院又称应天书院、睢阳书院、南京书院、南都书院、南京国子监，位于河南省商丘市睢阳区商丘古城南湖畔，是中国古代著名的四大书院之一，史载“州郡置学始于此”。
2、岳麓书院
岳麓书院是中国历史上赫赫闻名的四大书院之一，坐落于中国历史文化名城湖南长沙湘江西岸的岳麓山脚下，作为世界上最古老的学府之一，其古代传统的书院建筑至今被完整保存，每一组院落、每一块石碑、每一枚砖瓦、每一支风荷，都闪烁着时光淬炼的人文精神。
3、白鹿洞书院
白鹿洞书院，位于江西省九江市庐山五老峰南麓。“始于唐、盛于宋，沿于明清”，已有1000多年历史。
白鹿洞书院是我国宋代最高学府之一，居中国古代四大书院之首，与当时的睢阳、石鼓、岳麓书院齐名，合称“天下四大书院”。宋代理学大师朱熹，在此提出的教育思想成为中国古代的准则，在世界教育史上也有重要影响。
4、嵩阳书院
嵩阳书院，是中国古代高等学府，位于河南省郑州市登封市区北3千米峻极峰下。始建于北魏太和八年（484年），初名嵩阳寺，为佛教寺院。宋景祜二年（1035年）重修太室书院时赐名嵩阳书院，并设院长掌理院务。
嵩阳书院为宋代程朱理学的发源地之一。其建筑风格是研究中国古代书院建筑、教育制度以及儒家文化的“标本”。
书院制度：
到了南宋，在朱熹等理学家的带动下，书院建设之风更盛。一系列学规章程的制定，标志着书院进入制度化、规范化的发展阶段。书院是南宋理学家传播理学的主要文化阵地。理学家们固然多排佛，但在思想上均受到了佛教的深刻影响。
其中，不少人在寺院住宿或游玩过，对丛林生活有着直接的体会。在书院制度借鉴丛林制度的历程中，书院情结浓厚的朱熹起到了中介作用。
淳熙六年，朱熹到南康军赴任前曾与陆九龄相会于铅山观音寺，陆九龄在与朱熹谈话时提到自己想制定“小学规”，使人自小教之便有法，朱熹认为可以仿照《禅苑清规》来制定“小学规”。
此外，朱熹指导其门人程端蒙、董铢制定的《程董二先生学则》和当时丛林通用的《禅苑清规》内容十分相近，朱熹本人也对该学则予以高度评价。
书院教育对丛林制度的借鉴既包括教育方式、教育内容等内在方面，又包括人事制度、管理制度等外在方面。在教育方法上，书院教学灵活多样，生动活泼，与以往官学程序化的教育方式大不相同，更为接近禅宗学人的接引方式。
佛教在讲经时一直存在着质疑问难的传统，唐代寺院依然如此，丛林的这种教育方式影响到了书院。而以传授理学为主的书院为了修心养性，上穷天理，提倡静坐，这与佛教的影响也是分不开的。
唐代禅宗大德传法心要、参悟验证、方便施化，诸方学士参学所得，并互相问答、诘难、辩论、参究等法语，经弟子记录，整理成书，称为“语录”。
南宋理学家借用这种模式推广教育，如朱熹平时讲学的言论就经其弟子辑成《朱子语类》保存下来。此外，书院的会讲制度、讲学仪式等，均在一定程度上受禅林的启发或影响。
在管理制度方面，宋代寺院逐渐形成了住持为首、两序分责的寺院管理体系。这种管理体系在南宋时成为定制，也影响到了书院管理制度之制定。住持为寺院之代表，又是行政负责人，负责统筹寺院事务，书院山长之身份、职责皆与其相似。
宋代禅宗“十方丛林”公开选举住持，又启发书院山长的选择要“任人唯能”。在具体职事上，书院堂长和寺院监院相似，均协助最高负责人进行全面管理；书院副讲相当于禅林首座，负责对生徒进行知识和人格教育。
书院斋长和丛林的维那职能相仿，负有管理生徒纪律的职责。此外，书院借鉴丛林清规，对学生日常仪容及行为做出了明确限制，对于一些严重无视纪律者，则给予“逐其出院”的严厉惩罚。
理学家希望学生通过认真履践，在日常行为中修“道”、体“道”，把外在的约束转化为内在的自觉，这和丛林弟子严苛自持、精勤进修的精神是一致的。在祭祀方面，宋代禅林普遍祭祀本派开山祖师，这对书院的影响也是显而易见的。
宋代书院除了祭祀孔子及其弟子外，还祭祀书院的创始人及本学派的代表人物。南宋后期，书院进入了成熟化发展时期，历经元、明、清三朝，一直相续不断。
其中，书院学规章程是书院的灵魂，其稳定性和有效性是书院长期存在的重要保障。而这得益于南宋理学家对禅宗丛林制度和精神的积极吸收和主动借鉴。