新农合慢性疾病的申请流程如下：
1、准备相关材料：申请人需要携带本人身份证、户口本、近期免冠照片等相关证件，以及患有慢性疾病的诊断证明、病历资料等。
2、前往当地新农合经办机构：申请人需前往所在地的新农合经办机构，如县级新农合管理中心或乡镇新农合服务站等，进行现场办理。
3、填写申请表：在经办机构领取并填写《新型农村合作医疗慢性病门诊特殊病种申请表》，按照要求填写个人信息、疾病名称、病情描述等内容。
4、提交申请材料：将填写好的申请表和相关证明材料一并提交给经办机构工作人员，由其审核是否符合申请条件。
5、审核通过后，领取慢性病门诊特殊病种证：经办机构工作人员在审核通过后，将为申请人发放慢性病门诊特殊病种证，该证是申请人享受新农合慢性病门诊特殊病种待遇的凭证。
6、持慢性病门诊特殊病种证就诊：申请人在患有慢性疾病时，需携带慢性病门诊特殊病种证前往定点医疗机构就诊，享受相应的报销待遇。
可以了解到新农合慢性疾病的申请流程主要包括准备相关材料、前往经办机构、填写申请表、提交申请材料、审核通过后领取慢性病门诊特殊病种证以及持证就诊等环节。
首先，申请人需要准备相关材料，包括身份证、户口本、近期免冠照片等证件，以及患有慢性疾病的诊断证明、病历资料等。这些材料是申请新农合慢性病门诊特殊病种的基础，也是经办机构审核申请人资格的重要依据。
其次，申请人需要前往所在地的新农合经办机构进行现场办理。经办机构通常是县级新农合管理中心或乡镇新农合服务站等，申请人可以根据自身情况选择就近的经办机构进行办理。
在经办机构，申请人需要填写《新型农村合作医疗慢性病门诊特殊病种申请表》，按照要求填写个人信息、疾病名称、病情描述等内容。申请表是申请人向经办机构提出申请的重要文件，填写时要确保信息准确无误。
接下来，申请人需要将填写好的申请表和相关证明材料一并提交给经办机构工作人员，由其审核是否符合申请条件。经办机构工作人员会对申请人的资格进行审核，包括对材料的完整性、真实性进行核实，以及对疾病名称、病情描述等进行评估。
审核通过后，经办机构将为申请人发放慢性病门诊特殊病种证。该证是申请人享受新农合慢性病门诊特殊病种待遇的凭证，申请人需妥善保管，并在就诊时携带。
最后，申请人在患有慢性疾病时，需携带慢性病门诊特殊病种证前往定点医疗机构就诊，享受相应的报销待遇。定点医疗机构是指与新农合签订协议的医疗机构，申请人在就诊时需选择定点医疗机构，以便享受新农合的报销政策。
综上所述：新农合慢性疾病的申请流程包括准备相关材料、前往经办机构、填写申请表、提交申请材料、审核通过后领取慢性病门诊特殊病种证以及持证就诊等环节。申请人需按照规定的流程进行操作，以确保顺利申请到慢性病门诊特殊病种待遇。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。 社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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