常州市工商局内设的两个重要机构包括企业咨询服务中心和工商行政管理干部培训中心。
企业咨询服务中心是专门为工商企业提供服务的机构。它提供关于工商行政管理政策和法规的专业咨询，包括对企业资金信誉的查询和企业名称的查询。此外，中心还帮助企业聘请常年工商行政管理顾问，以及一系列与营业执照相关的配套服务，确保企业的日常运营符合法规要求。
工商行政管理干部培训中心则是常州市工商行政管理系统的教育和培训基地。它负责组织和实施全市工商行政管理干部的业务培训，提升他们的专业素质和管理能力。同时，中心还承担接待任务，为来访的干部提供必要的支持和服务。