一、定义不同：
1、事业收入是指由中央和地方各部门所属的事业单位经营业务所产生的收入，需要上缴国家预算的资金。
2、经营收入是指商品生产经营者在经营和管理活动中获得的收益。
二、包括内容不同：
1、事业单位的收入包括财政补助收入、上级补助收入、事业收入、经营收入、附属单位缴款、其他收入和基本建设拨款收入等。其中，从财政专户核拨的预算外资金会计入事业收入。
2、经营收入包括经营性劳动收入、风险收入、级差收入、机会收入等。
三、收入性质不同：
1、事业收入主要是事业单位开展各种技术性服务所形成的收入，并不包括实行证照管理取得的规费收入。
2、经营收入类似于企业的收入来源。
四、会计期末结转科目不同：
1、会计期末，事业收入科目的余额会转入事业结余科目，即借记事业收入科目，贷记事业结余科目。
2、经营收入科目在期末不会有余额，因此不需要进行结转。
什么是事业收入？
事业收入是指中央和地方各部门所属的事业单位通过提供各类技术服务所获得的营业收入，需要上缴国家预算的资金。这包括工业交易部勘察设计机构取得的勘察设计收入、试验研究检验收入、农林部水利机构取得的水利灌溉收入、技术转让取得的收入等各种技术服务。与许可证管理取得的费用收入不同，事业收入是由事业单位开展技术服务而产生的。