蓟州区的内河是州河，主要流经蓟州平原区，贯穿南北。州河自上而下接纳支流有：黎河、沙河、果河、淋河、幺河等支流。蓟州区境内的一级河道有蓟运河、泃河、州河，蓟运河是由泃河和州河两大支流汇合而成。此外，蓟州区还有翠屏湖位于城东4公里处，是天津市最大的
淡水湖，库容量15.59亿立方米。
蓟州区地势北高南低，呈阶梯分布。北缘最高点为九山顶，海拔1078.5米，南部最低处在马槽洼，海拔1.8米。南北高差1076.7米。山区面积840.5
平方公里，平原面积504.72平方公里，洼地面积245.2平方公里。