在2005年，一个重要的教育变革发生在黑龙江，经教育部的正式批准，黑龙江水利专科学校与黑龙江大学实现了深度融合。这一进程早在2001年就已经启动，经过数年努力，于2004年8月教育部下达了正式的合并通知，批准黑龙江水利专科学校与黑龙江大学进行实质性合并，同时决定撤销原有的黑龙江水利专科学校独立建制。
这次合并后，黑龙江大学做出了战略调整，设立了水利水电学院，专注于水利水电领域的专业教育，以满足社会对这方面的专业人才需求。此外，还成立了建筑工程学院，进一步扩大了大学在土木建筑领域的学术研究和人才培养。同时，黑龙江大学专科部的设立，确保了原有的专科教育得以延续，为那些希望继续深造或直接就业的学生提供了多元化的选择。
总的来说，黑龙江水利专科学校并入黑龙江大学后，不仅提升了整体学术水平和学科结构，也为学生提供了更广阔的学习和发展空间，是黑龙江高等教育发展的一个重要里程碑。