性质、获取难易程度、评职认定
科研纵向和横向的区别
性质不同
1、横向课题：指企事业单位、兄弟单位委托的各类科技开发、科技服务、科学研究等方面的项目，以及政府部门非常规申报渠道下达的项目。另外，申请文件的承担单位中没有本单位署名的纵向项目，由承担单位转拨本单位的子课题或者外协经费，一般也按横向项目对待。
2、纵向课题：指上级科技主管部门或机构批准立项的各类计划(规划)、基金项目，包括：国家级、省部级以及市厅级。
获取难易程度不同
1、横向课题：横向课题来源很广，较容易获得，研究内容可能更贴近社会需要。
2、纵向课题：纵向课题是由政府部门(或者受政府部门委托)下达的带有一定的指导性，很难获得。
评职认定有不同
1、横向课题：在科研评价体系中，横向课题一般不被评职称单位认可。
2、纵向课题：纵向课题常用于评职称中，即纵向课题是衡量一个单位科研水平的重要指标，横向课题在其中的权重价值就很低了。
大学里科研基本上以纵向科研为主，考核目标主要是申请国家课题和发文章，科研项目偏向基础科研，追求探索自然规律或者科技进步，追求的是先进性，首创性，为了追求可能1%的提高就需要往里砸无数的科研经费，可以说是往天上高出飞。
而企业项目不需要技术很高的先进性，追求的是利用现有成熟技术提高效率，或者产品成本降低，更注重现有技术的集成性，搞得项目像是往地理钻。现在国家的定位也比较明确，对于基础科研就放在高校里面，对于应用型科研放在企业里面。
科研项目选题注意事项
第一，要注意选择可以完成的学科需要充分评估其自身的知识库和分析问题的能力。
第二，要注意选择要完成的科目必须充分考虑到自己的专长和利益。如果他的兴趣深厚，他的研究愿望就会强烈，内心的动力和写作的心情也会很高，成功的机会也会更大。
第三，注意选择可以有条件完成的主题有必要确定是否存在数据或数据来源，了解研究趋势和选定专题的研究结果，并对可能存在的书面困难有粗略的了解，以避免盲目和低效的工作。