自1989年起，东营区人民医院逐步完善其医疗设施和服务。医院最初设立了办公室、医务科、门诊部，以及内科、外科、妇产科、五官科、中医科和治疗科等基本科室。此外，医院还设有放射科、化验科和药剂科，以及供应室，为患者提供全面的诊疗服务。医院的病床总数为72张，日均门诊量为95人次，日均急诊接待4人次，全年接纳住院病人2286人次，病床使用率达到67%。这一年，医院新建了1460平方米的门诊大楼和328平方米的手术室，进一步扩大了诊疗空间。
到1997年，东营区人民医院的发展更为显著，医院已经拥有门诊楼、病房楼和康复病房楼，形成了一座集中医和西医于一体的综合性医院。医院内部结构更加完善，设置了包括办公室、医务、门诊、内外妇儿、五官科、中医科、急诊科、中西药房、检验科、放射科、手术室、供应室、总务部和财务部等多个专业科室，为患者提供了全方位的医疗服务。