笛卡尔认为世界上一切知识都是不确定、令人怀疑的。笛卡尔提出普遍怀疑的原则，要求接受一项事实前必须达到清晰、明确的理解程度。他的方法是怀疑一切，但有一件事是毋庸置疑的，那就是“我在怀疑”。因此简言之就是“
我思故我在”即“我思想因而我存在”。其中笛卡尔的“我思故我在”包含两部分内容：“我思”和“我在”。“我思”中的“我”不是指我的肉体，而是思维包括怀疑、意愿、情感、想象以及人能直接意识到的任何精神活力，是指一个思想的主体。他解释说：“严格地说，我只是一个思想的东西，也就是说，我只是一个心灵、一个理智或一个理性。”当我的身体不完全时，我依然可以思考，因而我的精神、灵魂是和肉体是完全不同、完全分离开来的。“我思”中的我是超越形体的我，因为我完全可以在没有形体时做一些活动，但是无论如何也不能没有思想。思想是“我”的一种本质属性，“我”只要一旦停止思想，自身也就不存在了。
而“我思故我在”哲学真意是建立在理性基础上的，他认为理性本身含有自我批判和自我反思的含义，它是建立在
自我意识的基础之上的，因此必须时时受到自我明证性的批判审视。
实际上“我思故我在”的本意是“我思故我是”。其中“我思”是以意识活动为对象的自我意识，“我思”是“我在”的前提。因此，只有真正把握了“我思”的内涵，才能真正地解开“我在”之谜。笛卡尔认为的“我思”指称人具有思维的先天认识能力，是存在于人们头脑之中的思维规定性。他将这些认识归结为存在于人们头脑之中的数量、位置、时间等等。笛卡尔要证明的是：人只能依靠这些先天就存在于人们头脑之中的思维规定才决定了“人之为人”。 “我在”是实体的存在”。“I think，therefore I am”中的am指是
本体论意义上“是”或“本质”，而“I am”则是指人的“是”或人的“本质”，而不是经验哲学家眼中的客观存在。
“故”表示的不是两个实体之间的因果关系，而是本质和实体之间的必然联系，这也奠定了“我思”决定“我的本质存在”的逻辑顺序。所以从唯理论的解释原则出发，笛卡尔的“我思故我在”要真实表达的是“我思故我是”。因此“我思故我在”要表达的内涵就是：人本质或本性就是人的头脑之中先天地存在着某些思维规定，“我存在着先天的认识形式，才决定了我的本质存在”。
笛卡尔“我思故我在”理论中的“我在”是本质的存在。从西方哲学史上看，
柏拉图将这个“存在”归结为“理念”，
亚里士多德则视为事物的“形式”，因此，笛卡尔正是继承了西方哲学史本体论的思想，将这一精神内核加入了“我思故我在”的命题之后开启了近代哲学唯理论的先河。
笛卡尔用另一种眼光来看待外部世界、身体和其他事物，对事物的思考并不能证明我身体的存在性，即是人可以不依赖于肉体而对事物进行思考，即使肉体不存在了“我”依然可以思考。这种把思维和肉体分开来考虑的思想最终确立了他的二元论的思想体系。而且他对身心分开思考的思想第一次在近代哲学意义划分了的思维与存在。
“我思故我在”的思想使他在怀疑中确立自我，用“自我”的理性主义怀疑心外的一切，从而把认识提到了哲学研究的首位。对以后哲学的奠定了坚实的基础，也同时奠定了他在哲学上举足轻重的地位。
笛卡尔是近代理性主义哲学的开创者，他作为唯理论的开创者用“我思故我在”确立了思维对于存在的决定性原则，反对了当时禁锢人们思想的经院哲学，使人们从过分依赖感官经验的弊端中醒悟过来，促进理性解放，具有重大意义。 在笛卡尔看来，我们唯一能够信赖的就是理性的证明，所以要只依理性去怀疑一切可怀疑的东西，笛卡尔所开启的近代西方哲学的知识化与理性化时代。一方面开拓了新的知识领域，扩大了人类生活的境界，甚至极大地改变了人类的物质生活世界；但是另一方面将理性和人类理性精神推到了极致，甚至达到了“理性崇拜”的地步。