中国科学院南京地理与湖泊研究所是1981年国务院学位委员会批准的自然地理学硕士学位授予权单位之一。截至2014年底，该所设有1个一级学科博士后流动站，2个专业一级学科博士研究生培养点，4个专业二级学科博士研究生培养点，2个专业一级学科硕士研究生培养点，4个专业二级学科硕士研究生培养点以及一个全日制专业硕士学位培养点。
博士后流动站：地理学
一级学科博士研究生培养点：地理学、环境科学与工程
一级学科硕士研究生培养点：地理学、环境科学与工程
二级学科博士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学
二级学科硕士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学
专业硕士研究生学位培养点：工程硕士（环境工程、建筑与土木工程领域） 自1982年到2013年10月，中国科学院南京地理与湖泊研究所累计培养研究生近600余名（其中培养博士300多名）。
截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所共有在学研究生182人（其中硕士生73人、博士生109人）、在站博士后16人。
2013年，该所研究生孙小祥、戴雪获“中国自然资源学会2013年学术年会青年优秀论文奖” 。
2014年，该所胡竹君博士获2014年度中国科学院优秀博士论文奖 ；该所2011级博士研究生朱梦圆同学、2012级博士生马明明同学获得2014年度中国科学院院长优秀奖学金 。
2015年，该所2013级博士研究生刘笑菡同学获得2015年度中国科学院院长优秀奖学金 ；该所2013届博士曹艳敏荣获江苏省2014年度优秀博士论文奖 ；该所2012级博士研究生马明明同学、2013级博士研究生高金龙同学等二人荣获2015年度中国科学院“朱李月华优秀博士生”奖 ；该所赵雁捷硕士获国际湖沼学会PEG2015会议“优秀报告奖” 。
中国科学院南京地理与湖泊研究所考研试题
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