明朝的统治者在用武力征服天下之后，学习历代统治的经验，认为武以定天下，文以治天下，所以积极调整统治的策略，发展学校教育，并设立了中都国子学，后恢复国子监的名称，掌国学诸生训导的政令。
明朝的国子监有南北两监之分，南京国子监位于南京鸡鸣山，称为"南雍"，京师国子监位于北京，称为"北雍"。南京国子监创建于明初，规模宏大。
校内建筑相当完备，除有射圃、仓库、疗养所、储藏室外，教室、藏书楼、学生宿舍和食堂就有2000余间。教学和管理设有5厅和6堂，5厅为绳衍厅、博士厅、典籍厅、典簿厅和掌馔厅；6堂为率性堂、修道堂、诚心堂、正义堂、崇志堂和广业堂，招收学生8000多名。
1411年，明成祖朱棣迁都北京之后，仿照南京国子监的规制在元朝国子监的旧址上重建，置祭酒、司业、监丞、典簿各一员，并改崇文阁为彝伦堂。
1429年，修国子监两庑，并在监东金吾等三卫的草场建起宿舍，开辟菜园，以供监生住宿和种植菜蔬。两庑有四厅，东为典薄厅和绳愆厅，分别掌管奏章、印鉴及稽查勤惰、安排祭孔等规章事宜。西为典籍厅和博士厅，分别掌管书籍版片、御笔册和订立课程、考试、录册、办法御制文字等。
1528年，在彝伦堂后建敬一亭。敬一意为要恭恭敬敬、一心一意地学习践行儒学之道。敬一亭自成三进院落，东厢为国子监祭酒的办公之所，西厢是司业的办公之处。
清朝建立之后，国子监成为只管考试，不管教育的考试机构，总管全国各类官学，设管理监事大臣一员，祭酒满、汉各一员，另设监丞、博士、典簿、典籍等学官。
国子监内的学生相当于秀才，分文武，文称文生，武称武生。凡依照惯例规定向朝廷缴纳一定数额的钱，就可以获得"例监生"的名称，这些利监生可以为官，但大都没有什么实权。
1651年，顺治皇帝下诏重修孔庙。至乾隆年间，乾隆皇帝崇尚风雅，下诏将孔庙大殿全部改为黄琉璃瓦顶，并进行了大规模的修葺和重建。