（1）生态破坏。外来物种通过与本土物种在阳光、水分、养料、食物、
生态位等多方面的竞争，以及化感（植物）、捕食（动物）等，改变群落或
生态系统基本的生态学特征，如群落中的优势种、生态系统的物理特征、营养循环以及植物的生产力，导致局部或区域性的生物多样性减少，破坏入侵地平衡的生态系统，对农业生态系统的结构和功能构成威胁。
（2）生物污染。外来物种能够破坏遗传多样性、改变物种进化方向。入侵种与本地近缘种之间、入侵种相互之间有可能发生杂交，从而使本土物种基因型在
生物群落基因库中的比例发生变化，造成一些植被的近亲繁殖和遗传漂变，改变整个系统的演化方向。