原则是去除病因，抗感染治疗。在等待实验室结果时，医生应开始局部使用谱谱抗生素，确定致病菌属后给予敏感抗生素。根据病情的轻重可选择结膜囊冲洗、局部用药、全身用药或联合用药。切勿包扎患眼，但可配戴太阳镜以减少光线的刺激。
（1）对超急性细菌性结膜炎，治疗应在诊断性标本收集后立即进行，以减少潜在的角膜及全身感染的发生，局部治疗和全身用药并重。
（2）成人急性或亚急性细菌性结膜炎，一般选择堤滴眼液，儿童则选择眼膏，减少药物随哭泣时的眼泪排出，而且其作用时间更长。
（3）对慢性细菌性结膜炎，治疗原则与急性结膜炎相似，但需长期治疗，疗效取决于患者对治疗方案的依从性。
（4）各类型结膜炎波及角膜时，应按角膜治疗原则处理。
1、局部治疗
（1）当患眼分泌物多时，可用无刺激性的冲洗剂，如3％硼酸水或生理盐水冲洗结膜囊。冲洗时避免损伤角膜上皮，勿使冲洗液流入健眼。
（2）充分滴用有效的抗生素眼液和眼药膏。急性阶段，每1－2h一次。
①革兰阳性菌所致者，可使用：5000－10000U/ml青霉素、15％磺氨醋酰钠、0.1％利福平、杆菌肽、甲氧苄啶－多粘菌素B、0.5％氯霉素等眼液，频繁滴眼，使用红霉素、杆菌肽－多粘菌素B眼药等。
②革兰阴性菌所致者，可选用氧氟沙星眼药水或眼药膏。
③在特殊情况下，可使用合成抗生素滴眼液。
④慢性葡萄球菌性结膜炎，对杆菌肽和红霉素反应良好，还可适当应用收敛剂，如0.25％硫酸锌眼液。
2、全身治疗
（1）奈瑟菌性结膜炎，应全身及时使用足量的抗生素，肌注或静脉给药。淋球菌性结膜炎角膜未波及者，
①成人：大剂量肌注青霉素或头孢曲松钠（菌必治）1g/d即可，如果角膜也被感染，加大剂量为1－2g/d，连续5d。青霉素过敏者可用壮观霉素（淋必治），2g/d，肌注意此外，还可联合口服1g阿奇霉素，或100mg强力霉素，每日2次，持续7d；或喹诺酮类药物（环丙沙星0.5g或氧氟沙星0.4g，每日2次，连续5d）。
②新生儿：用青霉素G10000万U（kg/d），静脉滴注，或分4次肌注，共7d。或用头孢曲松钠（0.125g，肌注）、头孢肟塞钠（25mg/kg，静注或肌注），每8h或12h一次，连续7d。对脑膜炎球菌性结膜炎，可静脉注射或肌注青霉素。青霉素过敏者可用氯霉素代替。
（2）流感嗜血杆菌感染而致的急性结膜炎、或伴有咽炎或急性化脓性中耳炎的患者，局部用药的同时，应口服头孢类抗生素或利福平。
（3）对慢性结膜炎的难治性病例，或伴有酒糟鼻患者，需口服强力霉素100mg，1－2次/d，持续数月。
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