首先，二者的定义不同：
日本居酒屋：
是主要提供“日本酒”和“和食”的，面向“大众”的餐饮店。
日本料理店：
是所有提供“日本料理”的餐饮店的总称。例如：荞麦屋，寿司屋，居酒屋，料亭，焼き鸟屋、串扬げ屋、串焼き屋，天妇罗屋、お茶屋、拉面屋，好焼き屋等。
其中“料亭”的日本料理和环境比较“高档”，而“居酒屋”则比较大众。
荞麦屋，寿司屋，居酒屋，焼き鸟屋、串扬げ屋、天妇罗屋、お茶屋、拉面屋等提供的饮食则比较“单一”。
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另外，和“日本居酒屋”比较相近的日本餐饮店的形式还有：
大众酒场、一杯饮み屋、赤提灯、縄暖帘等
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在日本，和“居酒屋”形成对比的是，以提供“洋酒”为中心的大众餐饮店，例如：
酒吧，俱乐部，斯纳库，啤酒屋等。