法律分析：国家审计机关对船舶建造工程进行审计是一种行政监督行为，审计人与被审计人之间因审计而形成的法律关系与船舶建造合同当事人之间的民事法律关系性质不同，不能武断地将审计结论作为船舶建造工程竣工结算的依据。
法律依据：《中华人民共和国审计法》 第二条 国家实行审计监督制度。国务院和县级以上地方人民政府设立审计机关。国务院各部门和地方各级人民政府及其各部门的财政收支，国有的金融机构和企业事业组织的财务收支，以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支、财务收支，依照本法规定接受审计监督。审计机关对前款所列财政收支或者财务收支的真实、合法和效益，依法进行审计监督。