在学校规模日渐扩大的同时，领导力量、师资配备、教学管理方面亦随之不断加强，教学设施日臻完善，教育质量稳步提高。为集思广益，加强领导增进活力，学校实行董事会领导下的校长负责制，周献忠任董事长，成员有董文德、胡莉莉、徐文春。1998年开始，市人大常委会副主任王世和应邀担任学校董事会名誉董事长。校长由周献忠兼任，徐文春任副校长，教导处负责人胡莉莉、王慈坤，总务处负责人颜赛君。1996年建立高中部以后，聘请童冠佩为常务副校长，主管高中，并为董事会成员。1998年后教导处由何信福任主任，吴斌章、丁燕雏任副主任。1997年春成立共青团开元中学委员会，俞海静任书记，98年秋顾海娜接任。1999年经市教委党委批准，建立中共开元中学支部，周献忠任书记，支委童冠佩、倪文祥。2002年4月校教育工会成立，关君红任工会主席。至此，党、政、工、团机构俱全，制度日趋完善，学校管理工作更运转自如。2000年秋，童冠佩离任，胡东寅继任常务副校长。次年5月，校长周献忠逝世，领导班子相应调整，董事长由周崖滨担任，徐文春继任校长。2003年秋林信康接替胡东寅任副校长，2005年兼任学校党支部书记。
师资队伍不断优化，在国家分配渠道尚未开通的情况下，积极捕捉外界信息，礼贤求能，遍访名师。数年中，先后来校任教的特级教师有顾若松、厉始奂、屠泓，全国模范班主任、全国优秀裁判员杨明介，全国优秀教师李慧娟，省卫生先进工作者邬静英，省德育先进工作者吴斌章，另有中学高级教师、大学副教授等50余名。一批青年教师通过培养和锻炼，逐渐走向成熟，成为学校教育教学的骨干。全校现有教职员工45人，其中教师35人，特级、高级教师占40%，一级教师占35%。学校设立奖教金，对教育教学取得优秀成绩的教师进行奖励，尤其对为学校教育质量和升学率提高作出突出贡献的教师予以重奖。
学校设施逐年改善。建校伊始，限于资金，只能因陋就简，租用原定海区委党校校舍，一年后又增租原海娃幼儿园的部分用房，分两处上课。1995年自筹资金，建简易教学用房三间，四合院式的学生宿舍一幢。1997年建造教学大楼一座，办公用房和学生宿舍各一幢。1998年又建教工宿舍两幢。从此教学和生活用房基本满足。是年4月，高中部从原定海区委党校迁入新址，初高中合一，结束了两处分离状况。接着陆续投资内部设施建设，改善办学条件，栽花种树，美化环境，为师生营造一个校园幽静、设施齐全、生活方便的教学环境。教师宿舍、学生宿舍、医务室、食堂等生活设施基本满足需要。学校软硬件建设均具一定规模，达到初高中办学条件的规定要求，经市教育局年检，验收合格。2001年12月通过教育局督导评估，达到《浙江省民办普通高（完）中办学水平督导评估》规定三级办学标准，被评为省三级民办高（完）中学校。2002年成为“北大附中远程教育示范中学”。2007年又被评为舟山市“平安校园”。
