教学之余,他以“法治”为自己的“生命之师”,统摄自己的理论思考与学术研究乃至整个人生。自1989年迄今,出版了《法治论》(与王人博合著,山东人民出版社1989第1版、1997第2版、2001第3次印刷)、《赢得神圣——权利及其救济通论》(与王人博合著,山东人民出版社1993第1版、1998第2版)、《从法制到法治》(法律出版社1999年版)和《法治与政治权威》(与清华大学法学院江山合著,清华大学出版社2001年版)等法治方面的学术著作。1990年前后,新中国的法治理论尚属初创甚至草创阶段,故前两书,有不少精彩之笔,亦有修订、补充的空间。《从法制到法治》一书,是俞荣根教授主编的“法治之路”丛书中的第一部,其意在梳理、总结和反思最近20年中国法治思想、理论的生成与演变,并借此积淀中国法治的学术传统。该书获得司法部2000年优秀科研成果唯一的一等奖。至于《法治与政治权威》,列入“清华法学文库?法治研究系列”,实为清华大学重大基础理论课题——《依法治国基本理论研究》(清华大学法学院高鸿均、于安教授主持)——的一个子课题的研究。此与同时,参加了该课题另一个子课题(《社会主义法治理论》)的研究,其主要著述是《实质正义与法治》(高鸿钧等著《法治:理念与制度》第7章,中国政法大学出版社2002年版)。
2009年,程燎原教授携弟子时显群发表了“论先秦法家的“以法治国 ”思想”的相关文章,并指出:“秦朝推崇并奉行法家路线是导致秦朝速亡的根本原因或重要原因”这一观点值得商榷。