山东农业大学机电工程学院在科研领域展现出鲜明的特色，其主要研究方向围绕农业机械装备设计研发展开，特别聚焦于“农业机械设计与材料改性”、“机械化农业生产系统”、“农产品加工技术与装备”以及“设施农业装备与环境测控技术”这四个关键领域。
近年来，学院积极承担多项重要科研课题，其中包括国家支撑计划子课题、863项目、948项目、国家自然科学基金等，总计约有60余项。这些课题涵盖了“十一五”国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金项目、863项目、948项目等，展示了学院在农业科技创新方面的深厚底蕴。
学院与企业紧密合作，通过校企合作平台承担横向课题，科研经费总额超过800万元。在此基础上，学院的科研成果丰硕，已发表科研论文500余篇，申请并获得36项专利授权，其中12项专利成果突出。在教材与专著方面，学院主编和参编了20余部，体现了其在学术领域的深厚积累。
荣誉方面，学院在省市级奖项中屡获佳绩，包括山东省科技进步二、三等奖，山东省机械工业科技进步一等奖，山东省烟草专卖局（公司）科技进步特等奖，以及山东省高等学校优秀科研成果二、三等奖各1项。这些成果充分展示了学院在机电工程领域内的科研实力和影响力。