法律分析：对工程造价司法鉴定有异议应对的两种方法：一.坚持申请重新鉴定。如因鉴定结论错误不服而要推翻，则一定要坚持申请重新鉴定。二.主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证.据。
法律依据：《中华人民共和国关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条 当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许。主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据。一份正确的司法鉴定意见书首页会有一份声明。其内容往往包括什么委托人应当向鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责之类的话语。言外之意，鉴定意见是基于检材完整、充分、合法等基础之上，如果能够搜集到有关否定检材真实完整、充分、合法的证据，则鉴定意见失去基础，自然不能作为定案证据。