区别在于性质不同。企业是以盈利为目的独立核算的法人或非法人单位。它的特点是自收自支，通过成本核算，进行盈亏配比，通过自身的盈利解决自身的人员供养，社会服务，创造财富价值。
事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。
它与企业最主要的区别是其上级部门多为政府行政主管部门或者政府职能部门，其行为依据有关法律，所做出的决定多具有强制力，其人员工资来源多为财政拔款。
拓展资料
事业单位大都是由国家（包括国家机关和地方政府）设立的，也有一部分是由国有企业设立的，如大型国有企业原有的医院、学校。国家设立事业单位是出于国家管理的需要或社会公共利益的需要，事业单位的工作和服务不以盈利为目的。例如，学校、公立非盈利医院（当然，现实并非完全如此）。
设立企业（包括公司）的是出资者，国家设立企业时，其也应是出资者。设立企业的目的是通过经营盈利，国有企业也是如此。
参考资料事业单位——百度百科
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