医院拥有的重点学科数量居全市首位。其中血吸虫病科为省医学重点扶持学科；消化科、病理科为省市共建医学重点扶植建设学科；麻醉科被列入浙江省区域专病中心建设单位（浙北）；疼痛科为省中西医结合重点建设学科、省医学创新学科共建单位、市重点科技创新团队；呼吸病学、胃肠病学、血液病学、感染性疾病学、麻醉学、重症医学、病理学、针灸学8个学科为市级支撑学科，心血管病学、普通外科学、急诊医学、神经病学（神经内科学）、肿瘤学、放射诊断学、胸外科学、泌尿外科学、骨外科学9个学科为市级扶持学科。心胸外科、神经外科、麻醉疼痛科、肾内科、风湿科、内分泌科、结核病科、儿童生长发育科等特色专科在嘉兴及周边地区颇有影响。
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