（一）办公室 组织协调机关日常政务工作，拟订机关工作制度；负责局机关文电、会务、机要、档案、政务信息、安全保密、来信来访、卫生外事、政务公开、新闻宣传、综合治理、目标实绩考核管理、机关后勤保障等工作。
（二）政工科（精神文明建设办公室） 研究拟订全市卫生人才发展规划和政策并组织实施；负责机关和所属事业单位的人事管理、机构编制及劳动工资等工作，综合协调管理卫生专业技术人员的资格准入；负责机关和所属事业单位党务、群团、精神文明建设等；负责机关及所属事业单位的安全生产及综合治理协调管理；协调组织城市医疗机构人员支援农村社区工作；负责机关离退休人员管理和服务，指导所属事业单位的离退休人员管理和服务工作。
（三）规划财务科 拟订全市卫生事业中长期发展规划，指导区域卫生规划工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置，管理大型医用装备配置；协调专项经费的安排使用与管理；负责所属事业单位基本建设的监督管理；拟订机关财务管理规章并监督实施；负责所属事业单位国有资产管理；负责指导所属事业单位内部审计、统计工作。
（四）卫生应急办公室 负责指导协调全市公共卫生应急处理工作，拟订并贯彻执行公共卫生应急处理和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导和组织开展突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等公共卫生应急活动；建立与完善公共卫生应急处理信息和指挥系统，组织实施对突发急性传染病的防控和应急措施；组织协调突发重大人员伤亡事件的紧急医疗救护工作，承担自然灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等重大安全事件的医疗救援和涉及公共卫生问题的组织协调工作；组织开展公共卫生应急知识培训工作。
（五）疾病预防控制科 拟订全市疾病控制的发展规划和策略，组织实施重大疾病预防控制项目，并进行监督检查；负责对全市疾病预防控制机构的业务管理和指导，完善疾病防控体系，预防控制疾病的发生与疫情的蔓延；组织协调全市地方病防治工作，指导监督各旗县区政府及有关部门开展地方病防治工作；承办市地方病防治领导小组办公室的日常工作。
（六）农村牧区卫生管理科（新型农村牧区合作医疗办公室） 拟订全市农村牧区卫生事业改革和发展的规划和相关政策并组织实施；拟订农村牧区基本卫生保健规划，实施并组织评估，指导监督农村牧区基本卫生保健工作；负责组织拟订新型农村牧区合作医疗政策，承担全市新型农村牧区合作医疗工作和各项制度的落实及综合管理；参与规划并指导农村牧区卫生服务体系建设；依法开展乡村医生执业注册与相关管理工作，收集、分析农村牧区卫生相关信息，指导落实国家和自治区关于农村牧区卫生工作的相关政策；承担包头市新型农村牧区合作医疗协调领导小组办公室的日常工作。
（七）妇幼保健与社区卫生科 负责妇幼卫生、社区卫生、健康教育工作，起草有关地方性法规规章草案以及政策、规划、规范并组织实施；依法对母婴保健和生殖健康专项技术、社区卫生服务实施监督管理；拟订妇幼卫生、社区卫生专项技术标准，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；制定妇幼保健、社区卫生、健康教育机构的建设、人员岗位、技术服务和信息系统规范并组织实施。 （八）医政科 贯彻执行医疗机构、医疗技术应用、医疗护理质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准并组织指导实施；指导医务、护理和采供血人员的执业标准和服务规范实施工作；指导医院药事、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；贯彻执行药品和医疗器械临床应用管理的法规、规章、政策；协助突发公共卫生事件的医疗救治和重大人员伤亡事件的紧急医疗救援工作；承担医疗机构药事管理日常工作; 负责医疗机构服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系；组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。
（九）蒙中医药管理科（蒙中医药管理局） 贯彻执行党和国家及自治区、包头市的蒙中医药法律法规和方针政策；参与拟订蒙中医药地方性法规规章草案；负责蒙中医医疗机构及人员的准入、评价和监督管理；协调蒙中医医疗、预防、保健、康复、研究机构结构布局及其运行机制改革；组织实施蒙中医药标准化管理工作；拟订和组织实施全市蒙中医药科学研究和技术开发规划；组织开展全市蒙中医药对外交流与合作等工作。
（十）食品安全综合协调与卫生监督科 承担食品安全综合协调和监督工作；依法组织开展对食品安全重大事故的查处，承担食品安全风险监测、预警工作；组织实施卫生监督体系建设，指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生的监督管理；按照职责分工，负责学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等卫生监督管理，负责传染病防治监督工作；承担整顿和规范医疗服务市场，打击非法行医和非法采供血行为，督办重大医疗卫生违法案件。
（十一）科技教育科 拟订全市医疗卫生科技发展规划，组织协调全市重点医疗卫生科研攻关项目；指导医学科技成果和适宜技术推广及卫生科普工作；组织开展全市医疗卫生领先学科、重点学科、重点实验室建设；组织协调指导卫生专业技术人员岗位培训；组织开展继续医学教育工作。
（十二）保健科 拟订包头市干部保健工作计划和有关规定；负责全市保健对象的干部保健管理、预防保健和健康教育等工作；负责全市重要会议、大型活动及重要接待任务的医疗保障工作，确定干部保健基地，承担包头市保健委员会办公室的相关工作。
（十三）监察室 负责机关及所属事业单位的纪检监察工作；负责全市卫生系统纠风工作和行风投诉举报工作。
