地质史上的燕山晚期,地壳活动逐渐减弱,第四纪火山活动趋向宁静,瑞安境内的花岗岩地貌在这一时期基本形成。经过长期的自然风化、侵蚀、搬运、堆积等外力作用,造成了各种独特的自然景观。瑞安市地势西高东低,分为西部山区、中部丘陵、东部平原、浅海滩涂和沿海岛屿等5类。
西部为中、低山丘陵地,属南雁荡山与洞宫山的余脉,是天然的林业基地。其间群山绵亘,峰峦起伏,海拔一般在600米-1000米,最高峰巾子山海拔1320米;中部为丘陵与河谷冲积平原,是主要经济作物产区;东部为飞云江冲积和沿海淤积共同作用形成的平原,地势平坦,河网密布,一派水乡景象,平均海拔在10米以下。
飞云江在上游地区由于受新华夏系构造运动影响,地势陡峻,河谷多呈北东及北西向发育,在岩性和构造等因素的影响下,常形成山间小盆地。飞云江在下游地区表现为平原河流,水流分散,多沙洲,河床极不固定,往往由于冲刷、淤积而形成河曲,在仙降和桐浦之间表现较为明显。海岸线较曲折,多为淤泥质海岸。
东海大陆架上散布着北麂、北龙、铜盘、凤凰、齿头等大小岛屿三十九个,是天然的渔场。
瑞安地质比较稳定,历史上无火山、地震、断层、泥石流、滑坡等严重自然灾害记录。 瑞安市,全年无严寒酷暑,冬短夏长,四季分明,雨水充沛。
全境所处纬度较低,又受海洋影响,温度条件为全省最佳。境内常年平均气温17.9℃,北麂等海岛略低,为17.5℃,海拔400-800米的山区稍低,在14℃-16℃之间。
境内年平均降水量1110-2200毫米,历史年平均降水量1527.2毫米。年内各月降水分布很不均匀,全年降水高峰期3次,分别为3-4月春雨期、5-6月梅雨期及8-9月热带风暴暴雨期,各占全年降水量的18.3%、26%、26.2%。
瑞安季风气候明显,夏季多东南偏东风,冬季多西北偏西风,年均风速1.9米/秒,瞬时最大风速16米/秒。
瑞安处于温州--汕头的台风地带,夏季台风众多, 1994年百年一遇的17号台风登陆梅头(现龙湾海城街道),汪洋一片,造成巨大的损失。 瑞安全境江、河、湖水面面积为105728.55亩,密如蛛网,具有典型的江南水乡特色。
主要河流有飞云江、温瑞塘河、瑞平塘河。瑞安全境内陆河流均属飞云江水系或瓯江水系,飞云江为浙江省八大水系之五,发源于浙闽交界的洞宫山,流域面积3731平方公里,主流长173公里,其中穿贯瑞安市境内74.8公里,流域面积1801平方公里,在上望、阁巷之间入东海。下游河段宽600~1000米,入海处宽达3公里。500吨级货轮能直达上海、宁波和福州等港。其主要支流有漈门溪、高楼溪、金潮港等分布在山区,水力资源较为丰富,是该市修建小水电站的主要地区。
瑞平塘河、温瑞塘河位于飞云江南北两侧,瑞安境内长为3.28公里和20.4公里,是瑞安市内河主要通道,也是粮食产区抗旱、排涝的重要水道。