设计组织结构时需要遵循的原则有任务与目标原则、专业分工和协作的原则、有效管理幅度原则、集权与分权相结合的原则、稳定性和适应性相结合的原则。
1、任务与目标原则
组织设计的核心目标，是要完成组织一定时期内的战略意图和规划。有什么样的组织战略，就需要配备对应的组织设计。组织设计是实现组织战略的一项工具。这些企业为了应对急剧变化的外部环境，对自己的战略做了调整，大家都比较关注大厂和知名企业的战略动向。
2、专业分工和协作的原则
现代企业，就是把拥有各自专长的人组织起来，通过协作去完成组织目标的过程。组织设计也必须遵循专业分工和协作的原则，以研发、生产、市场、销售、服务等职能为核心来进行组织设计，或者以具体的产品线为核心，再辅以职能分工来进行组织设计，等等。
3、有效管理幅度原则
组织结构的设计，最终不同的事业部、中心、部门、组别等等大大小小的架构，都需要有对应的负责人和管理人员，这就要涉及到管理幅度的问题。管理人员的主要职责，一是管人，二是理事。
无论是管人还是理事，每个人的精力、时间都是有限的，要想让组织结构上每个岗位上的人，都能够充分发挥应有的贡献和作用，让其有一个合理科学的工作任务分配和工作强度，是非常重要的。
4、集权与分权相结合的原则
集权和分权这两极之间如何把握和平衡，就是每家企业整体管理风格的不同之处。而如何把握和平衡集权和分权，一方面要取决于高层管理人员平时做管理时的灵活把握，但更重要的另一方面，则需要在组织设计时，就要将集权和分权的整体原则和思路融入组织架构当中。
5、稳定性和适应性相结合的原则
之所以每个组织都需要有一个明确的组织结构，并且一旦确定就相对稳定，直到下一次做组织结构调整，是因为组织要维持正常的运转，内外部业务流程、管理动作相对顺畅有效，都必须依赖组织结构具有一定的稳定性。