（一）展览温室
分为Ⅰ区、Ⅱ区和Ⅲ区。Ⅰ区收集和展示与人类生活有密切关系的热带果树、、热带观赏植物400余种；Ⅱ区收集展示热带潮湿地区植物近千种，游客在这里可看到藤蔓悬垂缠绕和附生植物形成的等热带雨林中的奇特景观；Ⅲ区保存引自美洲、非洲和澳洲干旱半干旱地区的植物600余种，收集有澳洲特有的植物瓶干树 (Brachychiton rupestris)，原产南非的珍稀植物龟甲龙 (Discoria elephantipes) 和拟态植物生石花 (Lithops) 等。
（二）禾草园
禾草园以草坪和观赏草为主进行整体造景，并对粮食作物、牧草、草坪草、观赏草以及其他禾本科植物种类等进行集中展示。计划搜集禾本科植物100余属400余种（品种）。建成后的“禾草园”不仅作为该所研究成果的展示基地，也将成为南京及周边地区中小学的科普基地和大专院校的实习基地。 禾草园位于南京中山植物园南园东侧三角地位于新的主入口东侧，地势平坦，略具起伏，非常适合建设以草坪、观赏草和地被植物为特色的专类园区。在这里，可以展示中国东部独一无二的“四季常绿、四季花开”的草坪及地被植物景观。
禾草园分为矮墙小院区、草坪休闲区和品种展示区三个主要部分。
1、矮墙小院区 。
由南园主入口进入并右拐，可以看到一组由石砌矮墙与绿篱围合而成的小院落，其间并有木板平台与水池等，各种观赏草和地被植物以矮墙为背景、以花镜的形式布置在院中，向游客们展示多姿多彩的观赏草世界，也为人们在生活中布置自家庭院提供了具有参考价值的范例。
2、草坪休闲区。
位于禾草园的中部区域，大草坪周围安排较为密集的乔、灌、草立体配置树丛及花镜，。
3、品种展示区 。
禾草园的北部，集中展示国内外禾草植物100余种，以自然弯曲的小径把展示区分为若干小区，把草坪、牧草、经济作物等不同种类的禾草植物分门别类予以安排，同时兼顾观赏性及科学性。
（三）水生园
1、自然水生植物区。
主要安排在前湖的南侧，在沿湖的浅水区布置芦苇、茭草、菖蒲、香蒲、水葱等挺水植物及萍蓬草、水浮莲等漂浮植物，在较深的水区植苦草、狐尾藻、眼子菜、金鱼藻等沉水植物。
2、水生花卉区 。 在月牙池内及两侧湖岸，重点展示植物园已收集的260种荷花、16种睡莲以及有“莲中之王”美誉的克鲁兹王莲 (Victoria cruziana) 和亚马逊王莲 (Victoria amazonica) 。王莲原产南美亚马逊流域，不能在南京露地过冬，植物园科技人员早春在繁殖温室里育苗，当室外温度达到其生长要求时才能把王莲种植到露天的王莲池里。王莲具有硕大的绿叶、雍容华贵的花姿，被称为水生花卉中的王者，待到夏季花繁叶茂时，王莲池中百株王莲竞相开放的壮观场面，可谓全国之最。
3、水生经济植物区。 位于月牙池的东南，成片有序地布置水生经济植物如菱、茭白、席草、慈姑、荷藕、芡实等30余种，可让游客了解形形色色的水生经济植物。
4、湿生植物区。
位于月牙池的北部，现有部分沼泽地，模拟自然湿地植物群落布置池杉、垂柳、河柳、枫杨、两栖蓼、水蓼、苔草、芒苇、海芋、芦竹、毛茛等湿地植物50余种，
（四）城市景观植物区
城市景观植物区位于展览温室西北部空间开敞的位置，主要向广大游客及城市园林绿化工作者展示许多具有代表性的城市园林绿化适生植物种类，比如七叶树、银鹊树、紫茎、乐东、拟单性木兰、美国山核桃、连香树、秤锤树、南方红豆杉、粗榧、山茱萸、绣球荚蒾、火炬花、石蒜等等。
（五）岩石园
位于展览温室北部，自然块石之间留有种植空间，种上藿香蓟、匍匐婆婆纳、老鹳草、白芨、石蒜、桔梗、沙参、淫羊藿、酢浆草、水仙、各种石竹、景天类等植物。
（六）森林休闲区
位于南园北部，太平门路南侧。以组团的种植方式配置林下灌木和耐阴地被，如八仙花、八角金盘、洒金东瀛珊瑚、厚皮香、石蒜、蝴蝶花、连钱草、吉祥草、沿阶草、诸葛菜等，重点区域适当丰富植物种类。
（七）孢子植物区
孢子植物是一大类特殊的植物的总称，它们以孢子而不是种子的形式进行繁衍。孢子植物主要包括藻类植物、菌类植物、地衣植物、苔藓植物、蕨类植物五类。主要是蕨类和苔藓植物，如鳞毛蕨、星蕨、凤丫蕨、蹄盖蕨、仙鹤藓、绢藓、青藓、灰藓等，将游客引入到又一个奇妙多姿的孢子植物世界。
（八）竹园
在前湖西侧，展示华东地区的观赏竹类，如毛竹、金镶玉竹、桂竹、乌哺鸡竹、茶杆竹、紫竹、淡竹、苦竹、孝顺竹、鹅毛竹、菲白竹、菲黄竹等。
（九）经济植物展示区
位于南园西部角落，主要收集和展示南京中山植物园有研究基础的十字花科、伞形科、薯蓣科植物等有重大经济利用价值的植物。
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