1、东京工业大学
东京工业大学（TokyoInstituteofTechnology），简称东工大（TokyoTech），是日本理工科大学之最。校区位于东京都目黑区与横浜市绿区，是专攻工程技术与自然科学的日本顶尖、世界一流的理工科大学 。东京工业大学是日本超级国际化大学计划（TopGlobalUniversityProject）A类顶尖校之一，也是日本八大学工学系联合会、RU11学术研究恳谈会、东亚研究型大学协会等学术组织的重要成员。
2、东京艺术大学
东京艺术大学（TokyoUniversityoftheArts，日文平假名：とうきょうげいじゅつだいがく）简称“艺大”（げいだい），是一所校本部位于东京都台东区上野公园的日本艺术类国立大学。其前身是于1887年分别创立的东京美术学校和东京音乐学校，1949年两校合并成为新制东京艺术大学。东京艺术大学的主要目的为培养美术和音乐领域的艺术家，其中音乐学部已培养了许多著名作曲家、演奏家、指挥家，美术学部也诞生了许多著名画家、艺术家、建筑家。
3、一桥大学
一桥大学（英文名：HitotsubashiUniversity，日文名：ひとつばしだいがく），简称“一桥”，坐落于日本东京都国立市，是一所享誉世界的顶尖研究型国立大学，被誉为“亚洲的哈佛”。一桥大学本科仅开设四个专业（经济学、法学、商学、社会学），是日本唯一一所专攻人文社会科学的小规模精英大学，日本顶尖国立大学集团“旧帝一工神”的一员，其性质与伦敦政治经济学院相近。如今，一桥大学是公认的日本优秀的商科学府。其法学、国际关系、社会学、语言学等人文社科领域的实力亦是公认的日本前三。
4、东京医科齿科大学
东京医科齿科大学（TokyoMedicalandDentalUniversity，TMDU，日文平假名：とうきょういかしかだいがく），简称东京医齿大，位于日本东京都文京区，是日本著名的国立大学。于1928年建立，1946年开设大学教育。其齿学部是日本最早成立的公立牙医学教育机构，也是旧六齿科大学之一，2004年4月成立国立大学法人。现在，东京医科齿科大学拥有2个学部、2个研究科、2所图书馆、2所附属医院，以及众多的研究机构
5、御茶水女子大学
御茶水女子大学（英语：OchanomizuUniversity，日语平假名：おちゃのみずじょしだいがく），是一所位于东京都文京区的知名国立女子综合性大学。
6、东京学艺大学
东京学艺大学（TokyoGakugeiUniversity，日文平假名：とうきょうがくげいだいがく）简称“学大”、或者“学艺大”、“东学大”，是日本极富盛名的顶级师范类国立大学，素有“亚洲第一师范学府”之称。与我国北京师范大学互为"姊妹校"。东京学艺大学作为日本国内乃至整个亚洲教育学科的代表，在为日本培养教育型人才方面贡献突出，受到日本教育界的高度评价。东京学艺大学不只是停留在狭义的培养教师的大学，而是一所如同“学艺”（学问与艺术）其名而能够深入其中的大学。
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一桥大学师资力量
2004学年，该校共有教职员603人（其中教授224名、助理教授83名、讲师31名、助教96名，及外籍教师4名），学生6528人（其中大学部学生4708名；研究生共1820名，其中专业学位学生219名），本科生与研究生的比例约为2.6：1，生师比约为15：1。现任校长为石弘光教授。
一桥大学的教学和研究课程分别由4个学部和6个研究科（研究生院、大学院）承担，学校设有法律学部与法学研究科、经济学部与经济学研究科、商学部与商学研究科、社会学部与社会学研究科，以及言语社会研究科和国际企业战略研究科（设在东京市中心）等机构。
在东京的国立大学(国立大学就是国家直接设置的大学和国立大学法人设置的大学。国立大学法人是国家全额出资的团体。)
御茶水女子大学
电气通信大学
东京大学
东京医科牙科大学
东京外国语大学
东京海洋大学
东京学艺大学
东京艺术大学
东京工业大学
东京农工大学
一桥大学
政策研究大学院大学
在东京的国立大学(公立大学是地方公共团体（都道府县，市区町村）直接设置的大学和公立大学法人设置的大学。公立大学法人是1个或复数的地方公共团体设立的团体。)
东京都立产业技术大学院大学
东京都立大学
在东京的私立大学(私立大学是学校法人设置的大学。行政许可的股份有限公司（株式会社）设置了的大学也是私立大学。股份有限公司不能设置大学在特别的地区以外。)
东洋大学
东洋学园大学
东京理科大学
东京电机大学
东京纯心女子大学
东海大学
东京慈惠会医科大学 The Jikei University School of Medicine
东京工艺大学
东洋英和女学院大学
东京医科大学
东京国际大学
东邦大学
东邦音乐大学
东京福祉大学
日本桥学馆大学
丽泽大学
和洋女子大学
青山学院大学
明治学院大学
亚细亚大学
上野学园大学
樱美林大学
大妻女子大学
嘉悦大学
学习院大学
学习院女子大学
北里大学
共立女子大学
共立药科大学
创价大学
杏林大学
白百合女子大学
圣心女子大学
国立音乐大学
庆应义塾大学
国学院大学
国际基督教大学
国士舘大学
驹泽大学
上智大学
专修大学
大东文化大学
拓殖大学
中央大学
津田塾大学
帝京大学
二松学舍大学
法政大学
武藏大学
武藏野大学
明治大学
明星大学
立教大学
立正大学
早稲田大学
麻布大学
神奈川大学
神奈川工科大学
神奈川齿科大学
鎌仓女子大学
关东学院大学
相模女子大学
产能大学
松荫大学
湘南工科大学
情报安全大学院大学
昭和音乐大学
女子美术大学
圣玛丽安娜医科大学
洗足学园音乐大学
鹤见大学
田园调布学园大学
桐荫横滨大学
菲利斯女学院大学
八洲学园大学
横滨商科大学
健康科学大学
帝京科学大学
身延山大学
山梨英和大学
山梨学院大学
武藏野美术大学
多摩美术大学
顺天堂大学 Juntendo University
工学院大学 Kogakuin University
芝浦工业大学 Shibaura Institute of Technology Tokyo
东京农业大学
东京都市大学
东京音乐大学
东京基督教大学
东京齿科大学
东京情报大学
东京神学大学
东京成德大学