医院前身是美国基督教卫理公会创办的“但福德医院”(Dvanforth Hospital),始建于光绪廿一年(公元1896年)。
1968年11月,九江地区妇幼保健院被撤消。1969年11月29日,恢复为九江市妇幼保健院,由九江专区下放到九江市管辖。
1989年10月,为适应九江市日益发展的妇女儿童医疗事业的需要,经市长办公室批准,将医院更名为“九江市妇女儿童医院”。
1994年7月1日起更名为九江市妇幼保健院。
2003年7月,市政府批复同意我院增冠“九江市妇女儿童医院”名称,同年12月市卫生局同意我院增冠“九江市妇女儿童医院”名称。
2011年12月,经江西省卫生厅批复同意我院增冠“九江市儿童医院”名称,并在十二五规划期间建设成为独立设置的儿童医院,取消原“九江市妇女儿童医院”的名称。
2011年12月,经江西省卫生厅批复同意增冠九江市儿童医院名称,并在十二五期间建设为独立的儿童医院,取消原“九江市妇女儿童医院”名称 。