省太湖水污染防治办公室副主任一般为副厅级。
具体依据为：根据中央机构编制委员会办公室《关于设立江苏省太湖水污染防治办公室的批复》（中央编办复字〔2009〕65号），设立省太湖水污染防治办公室（简称省太湖办），为省政府派出机构，正厅级建制，经省政府授权，统一履行全省范围内太湖水污染防治工作综合监管职责。
综上所述：该办公室副主任为副厅级。
附参考资料：
省政府办公厅关于印发江苏省太湖水污染防治办公室主要职责内设机构和人员编制规定的通知
来源：江苏省; 出自：江苏省人民政府公报2009年14期
省政府办公厅关于印发江苏省太湖水污染防治办公室主要职责内设机构和人员编制规定的通知
苏政办发〔2009〕89号 2009年7月3日
各市、县人民政府，省各委、办、厅、局，省各直属单位：
《江苏省太湖水污染防治办公室主要职责内设机构和人员编制规定》已经省人民政府批准，现予印发。
江苏省太湖水污染防治办公室主要职责内设机构和人员编制规定
根据中央机构编制委员会办公室《关于设立江苏省太湖水污染防治办公室的批复》（中央编办复字〔2009〕65号），设立省太湖水污染防治办公室（简称省太湖办），为省政府派出机构，正厅级建制，经省政府授权，统一履行全省范围内太湖水污染防治工作综合监管职责。
一、主要职责
（一）贯彻落实党中央、国务院和省委、省政府关于太湖水污染防治工作的方针政策及重大决策部署；对太湖水污染防治工作情况进行调研，及时向省委、省政府提出决策建议；协调解决太湖水污染防治工作的重大问题。
（二）参与拟订太湖水污染防治地方性法规、政府规章草案、标准和政策；参与拟订太湖水污染防治的中长期规划，组织制订太湖水污染防治的年度工作计划。
（三）组织实施国务院《太湖流域水环境综合治理总体方案》、《江苏省太湖流域水环境综合治理实施方案》、主要入湖河道水环境综合整治方案；草拟太湖水污染防治目标责任书，分解省各有关部门和太湖流域各省辖市人民政府太湖水污染防治工作的责任和任务，开展太湖水污染防治工作。
（四）根据省政府授权，对省各有关部门和地方人民政府实施太湖水环境保护和治理工作进行监督检查；拟定和组织实施太湖水环境治理考核奖惩制度；定期报告和通报全省太湖水污染防治工作情况。
（五）协调省各有关部门和地方人民政府做好防控太湖蓝藻和“湖泛”大面积暴发的应急工作；协助省有关部门和地方人民政府做好太湖流域重大水污染事故的应急处置和查处工作。
（六）参与制订省级太湖水污染防治专项资金分配计划，参与审核专项资金补助项目的安排，提出年度专项审计的建议；监督太湖水污染防治项目的落实，提出整改和调整意见。
（七）组织制订太湖水污染防治与蓝藻治理专家委员会年度工作计划，协调其开展工作，充分发挥专家委员会的技术指导和决策咨询作用；会同省有关部门，提出太湖水污染防治的重点科研计划。
（八）承办省委、省政府交办的其他事项；协助联系太湖流域水环境综合治理省部际联席会议办公室；承担省太湖水污染防治委员会、省防控太湖蓝藻应急处置工作领导小组日常工作。
二、内设机构
根据上述职责，省太湖办内设3个机构：
（一）综合处
负责省太湖水污染防治委员会和机关重要文件、文稿的起草工作；协调和组织对太湖水污染防治工作重大方针政策、重要工作部署以及太湖水污染防治工作情况的宣传报道，编报太湖水污染防治工作简报；联系省太湖水污染防治委员会各成员单位；负责机关机构编制和人事管理工作，承办机关日常事务和后勤管理工作。
（二）规划处
参与拟订太湖水污染防治中长期规划并监督实施，组织制订太湖水污染防治工作年度计划，分解落实各成员单位年度目标任务和责任；参与制订省级太湖水污染防治专项资金分配计划，参与对申请国家和省级专项资金支持项目的审查论证，并对专项资金使用情况进行监督检查；组织对太湖水污染防治工作的方针政策进行调研并提出建议；会同省有关部门拟定太湖水污染防治科研计划，协调开展太湖水污染防治的科技攻关；承担太湖水污染防治与蓝藻治理专家委员会的日常工作。
（三）督查应急处
对重点地区、重点河流水环境综合整治方案实施情况进行检查，组织检查太湖水污染防治项目的落实情况；定期对省太湖水污染防治委员会各成员单位的相关工作进行督查，考核各成员单位完成太湖水污染防治工作任务的情况；负责太湖流域水环境综合治理省部际联席会议和省领导同志批示件的查办工作，协调指导重大水污染事故的调查和处理；根据应急预案要求，协调省各有关部门和地方人民政府做好太湖蓝藻和“湖泛”大面积暴发的应急工作；编发应急预警信息和应急工作简报，承办应急管理的日常事务工作。
机关党总支。负责机关党群工作。
三、人员编制和领导职数
省太湖办机关行政编制为20名。
领导职数为：主任1名（兼任省发展和改革委员会副主任），副主任2名；正副处长7名，其中正处长3名，副处长4名（含机关党总支专职副书记1名）。
四、其他事项
关于省太湖办与省各有关部门、地方人民政府的职责关系。省太湖办是组织实施省太湖水污染治理工作方案和省太湖流域水环境综合治理实施方案的第一责任主体，根据省政府授权，负责太湖水污染防治工作的任务分解落实和目标管理，对省各有关部门和地方人民政府履行太湖水污染防治工作职责情况进行监督检查。省各有关部门和地方人民政府按照各自的职责分工和管辖范围，做好职责范围内的太湖水污染防治工作，承担太湖水污染防治工作的相应责任。省各有关职能部门要按照职责分工，加强指导和服务，共同做好太湖水污染防治工作。地方各级人民政府是执行实施方案的责任主体，要制订本行政区域太湖水污染防治的实施方案和年度计划，逐级分解各项目标任务和政策措施，确保目标、项目、资金、责任“四落实”。按照“统一领导、分工负责、齐抓共管、团结治污”的领导和协调机制，各级各部门各司其职，各负其责，加强配合，协同做好太湖水污染防治工作。
五、附则
本规定由省机构编制委员会办公室负责解释，其调整由省机构编制委员会办公室按规定程序办理。