南京中医药大学目前，学校有两个校区（汉中门校区和仙林校区），共设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、翰林学院、高等职业技术学院、成人教育学院和国际教育学院（港澳台培训中心）等12所学院。有中医学、中药学、中西医结合学3个博士后科研流动站、16个博士点和19个硕士点，有3个七年制学、硕士连读专业，17个本科专业，30多个专业方向；现有各类在校生逾万人，其中研究生一千余人，各类留学生近千人，成教学生3500人，高职本科学生近400人。
事实上根本不存在南京药科大学这个学校。
中国目前药科类学校只有两所。中国药科大学和沈阳药科大学。因分别在南京和沈阳，故分别称为南药和北药。而后者即将并入东北大学。
所以大家说的南京药科大学就是指中国药科大学。中国药科大学在80年代时是南京药学院。顺便提下，中国药科大学实质是个不错的学校，只是先前不太会宣传，导致这个南京市唯一的一个以中国开头的大学在江苏遭人冷遇阿。但在外省录取的情况还不错。学校现有南京玄武门、江宁2个校区。设有国家基础科学研究和教学人才培养基地（基础药学点）（以下简称基础药学理科基地）、国家生命科学与技术人才培养基地、药学、药物制剂、制药工程、食品质量与安全、中药学、中药资源与开发、生物工程、生物技术、海洋药学、国际经济与贸易、工商管理、市场营销、药事管理、经济学、英语、信息管理与信息系统等18个本科专业，5个专科（高职）专业。
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