不同特色的高校，是无法简单进行比较的。
中国农业大学在国内农学方面十分强悍，其农业工程、兽医学、畜牧、农业资源与环境、植物保护、作物学六个学科排名国内第一，食品科学、水利工程、草学等也十分突出。同时，农大是985重点。
北京交通大学则以交通运输为特色，其系统科学学科在国内学科评估中取得全国第1，系统科学、光学工程、信息与通信工程、交通运输工程和安全科学与工程5个一级学科进入全国前10名。应用经济学、马克思主义理论、系统科学、统计学、机械工程、光学工程、信息与通信工程、计算机科学与技术、土木工程、交通运输工程均进入全国前30%。
如果想学农学、食品科学方面的专业，毫无疑问选择中国农业大学。但想学交通运输、通信、信息、计算机等工科专业，以及经济学、会计学等经管类的话，则选择北京交通大学比较好。
从往年录取分数线看，北京交通大学的分数略高于中国农业大学。
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