根据上述职责，市卫生局设7个内设机构，均为正股级建制。
（一）办公室（卫生信息中心、法制与行政服务科）
综合协调局机关政务、事务；负责文件、电子政务的运转和管理；负责重要会议的组织安排并督办落实；负责局文秘、机要、档案、保密、信访、基本建设、安全保卫的管理工作；综合协调医药卫生体制、机制改革等宏观管理工作；组织开展卫生宣传和新闻发布工作；总结交流和推广卫生行业精神文明建设的经验与成果；拟定全市卫生信息工作规划并组织实施；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作；指导本行业工会、共青团、妇联工作。
负责国家、省有关卫生监督管理、食品安全、药品和医疗器械监管工作方针、政策和法律法规的组织实施；负责有关规范性文件的合法性审核备案工作；负责行政执法监督和听证的组织工作；组织实施行政执法责任制，指导本系统法制工作；承担行政复议、行政诉讼和国家赔偿的相关工作；组织开展普法教育；负责卫生系统“法治昆山”创建工作的组织协调和联络，对市卫生局履行“依法治市”成员单位职责的有关情况开展调研、总结和评估；负责市卫生局行政许可事项日常工作；负责组织行政服务事项的专家论证和听证工作；参与涉及卫生许可管理规范性文件的起草工作；参与有关行政许可事项的行政复议和行政诉讼工作；负责本部门驻行政服务中心窗口的运行管理工作。
（二）组织人事科
负责拟订卫生人才队伍发展规划及政策并指导实施；负责局机关和下属单位的机构编制、干部人事和劳动工资工作；负责全市各级各类卫生专业技术人员的职称申报、考试考核等工作；负责全市卫生系统奖惩工作；按干部管理权限，负责局机关和下属单位局管干部的培养、选拔（选聘）、监督和管理；指导下属单位基层党组织建设和党员管理工作以及相关非公医疗机构党建工作；管理局机关和下属单位人员的人事档案；负责卫生方面的对外交流和卫生援外工作；负责下属单位人员的出国（境）政审工作；负责老干部、卫生系统统战等工作。
（三）医政科教科（中医管理科）
按管理权限负责医疗卫生机构的设置、审批、监管和医务人员的执业资格准入；负责医疗机构的质量评估和执业管理；负责医疗机构医疗技术应用的准入与管理；负责全市医疗、护理、采供血、临床药学、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；负责拟订实施国家基本药物制度的有关方案，制订基本药物使用和管理流程，协助督查基本药物制度各项规定的落实；负责协调处理权限内医疗卫生机构的医疗纠纷，承办医疗事故技术鉴定委员会委托的有关事务；协助做好重大突发事件、自然灾害的医疗救护；组织协调各类法定体检；负责全市无偿献血管理工作；协助有关部门开展伤残鉴定、司法鉴定；贯彻国家中医药工作方针政策，指导和管理权限内中医、中西医结合医疗机构的中医工作；拟订并组织实施全市中医事业发展规划；负责医疗服务的监管工作；拟订卫生科技与教育发展规划；负责卫生科技攻关和科技项目、科技成果的审核管理，指导医学科技成果的推广和科普工作；组织实施市级医学重点学科建设和人才战略工作；组织开展医学继续教育和毕业后医学教育工作；负责卫生学术团体的业务指导工作；负责卫生对外合作与学术交流工作。
（四）食品安全综合协调与卫监疾控科（城乡卫生指导科）
组织拟订地方性食品安全管理工作规划并监督实施；依法行使食品安全管理的综合监督职责，组织协调有关部门承担食品安全监督工作；综合协调食品安全检测和评价体系建设；收集并汇总食品安全信息，分析、预测安全形势，评估和预防可能发生的食品安全风险；会同有关部门制定食品安全监管信息发布办法并定期向社会发布；根据市政府授权，组织协调食品安全专项执法监督活动；依法组织、协调对食品安全重大事故的查处；制订实施全市卫生监督计划，实行卫生综合监督执法工作；依法开展卫生监督层级督查；负责全市传染病防治、职业卫生、公共场所、放射卫生、学校卫生、母婴保健执法监督工作；承担市食品安全委员会的日常工作。
拟订重大疾病的防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病防控体系建设，实施疾病预防控制绩效考核，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担法定传染病疫情监测预警和报告工作；拟订妇幼卫生的政策、规划并组织实施，负责制定妇幼保健机构建设以及技术服务规范、专项技术标准并组织实施；对妇幼保健实施监督管理；组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；组织实施基本公共卫生和重大特色公共卫生服务项目；拟订社区卫生服务、初级卫生保健的发展规划和相关政策；指导和督查基层医疗卫生机构开展有关业务工作和业务建设；组织开展对基层医疗卫生机构的有关业务评估和达标评估；统筹协调全市爱国卫生和建设健康城市工作，协调各委员部门落实爱国卫生、健康促进工作职责；拟订全市爱国卫生工作和健康城市建设的工作计划、规划和评估指标；组织开展建设健康城市、健康社区、国家卫生城市长效管理和卫生镇（村）等各级各类卫生创建工作；组织开展农村改水、改厕和农村环境整洁工作；组织开展群众性的社会卫生检查评比活动；组织开展病媒生物防治和全民健康促进与教育工作；承担市血吸虫病防治领导小组办公室、市地方病防治领导小组办公室和市初级卫生保健工作委员会办公室、市艾滋病防治工作委员会办公室的日常工作。
（五）干部保健科（医疗绿卡服务中心）
贯彻执行市干部保健工作委员会关于干部保健工作的政策措施和有关决定，制定干部保健工作的有关制度；负责干部保健对象健康档案的管理，执行干部健康重大情况请示报告制度，做好干部健康信息的保密工作；负责干部保健工作的协调、干部保健服务队伍的管理和服务网络的完善；负责干部保健对象的定期体检、保健咨询、健康教育和健身活动，组织专家评价干部健康状况，做好统计分析工作；指导医疗卫生单位做好干部保健工作，负责业务培训；负责干部保健经费的管理；负责干部健康管理信息系统的改进和维护；承担市医疗绿卡服务中心的日常工作。
（六）应急办公室
拟订卫生应急救援规划、制度、预案和技术指南；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；对突发急性传染病组织实施防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息；负责重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；负责指导管理突发公共卫生事件卫生应急指挥中心工作。
（七）规划财务科
统筹规划与协调全市卫生资源配置；编制卫生事业经费的预算、决算，协调落实卫生事业经费；负责本系统重大建设项目的追踪管理和卫生事业费使用管理；拟订卫生财务管理规章并监督实施；研究提出卫生服务价格建议，协同有关部门指导全市医疗卫生收费管理并督促检查；指导全市卫生基本建设，监管下属单位国有资产运行；负责局机关会计核算、财务收支管理。
另按有关规定设置纪委、监察审计室（合署办公）。
