1，预付款的性质：工程预付款，是建设工程施工合同订立后由发包人按照合同的约定，在正式开工前预先支付给承包人的工程款。它是施工准备和所需主要材料、结构件等流动资金的主要来源，国内习惯上又称为预付备料款。
工程预付款的支付，表明该工程已经实质性启动。本质上，预付款是由发包人支付的，作为用于动员、工程备料的无息贷款。
2，预付款的扣回：预付款本质上是一种“无息贷款”，那么就存在偿还的问题，在建筑工程合同中，这种偿还以“扣回”的方式进行。即，随着工程进度的推进，拨付的工程进度款数额不断增加，工程所需主要材料，构件的用量逐渐减少，原已支付的预付款应以抵扣的方式予以陆续扣回。
扣款的方法，是从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于预付备料款数额时扣起，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重扣低工程价款，至竣工之前全部扣清。因此，确定预付款扣回的时机及预付款每次扣回的比例就是预付款条款要解决的最重要问题。
3，预付款数额的约定：根据我国《建设工程价款结算暂行办法》第十二条的规定，“包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。
计价执行《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500—2003）的工程，实体性消耗和非实体性消耗部分应在合同中分别约定预付款比例。”显然，按照我国的法律法规规定，预付款的比例为合同金额的10%~30%，在订立合同时不应超出此范围。
4，预付款开始扣回的时机：确定工程预付款起扣点的依据是：未完施工工程所需主要材料和构件的费用，等于工程预付款的数额。实际工作中，工程备料款的回扣方法，也可由发包人和承包人通过洽商用合同的形式予以确定，还可针对工程实际情况具体处理。
如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其备料款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。
在国际工程承包中FIDIC施工合同也对工程预付款回扣作了规定，其方法比较简单，一般当工程进度款累计金额超过合同价格的10%时开始起扣，每月从支付给承包人的工程款内按25%的比例扣回。
5，预付款每次扣回的比例约定：扣回比例可以由双方自行约定，但最终应在全部款项付完前可以全部扣回，因此每次比例不应低于预付款占合同价格的比例，由双方自行确定。
百分比法。百分比法是按年度工作量的一定比例确定预付备料款额度的一种方法。各地区和各部门根据各自的条件从实际出发分别制定了地方、部门的预付备料款比例。
数学计算法。数学计算法是根据主要材料（含结构件等）占年度承包工程总价的比重，材料储备定额天数和年度施工天数等因素，通过数学公式计算预付备料款额度的一种方法。
协商议定。在较多情况下是通过承发包双方自愿协商一致来确定的。在商洽时，施工单位作为承包人，应争取获得较多的备料款，从而保证施工有一个良好的开端得以正常进行。
扩展资料：
建筑工程合同，是指一方约定完成建设工程，另一方按约定验收工程并支付一定报酬的合同。前者称承包人，后者称发包人。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同，属于承揽合同的特殊类型，因此，法律对建设工程合同没有特别规定的，适用法律对承揽合同的相关规定。
随着我国的经济发展，基本建设作为重要的产业支柱在国民经济发展的过程中有着不可或缺的地位，同时，相应的法律法规也在不断的完善健全，保证经济发展的顺利进行。
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