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基因组注释的基本流程是什么
基因组注释
分析
主要
包括哪些内容
答:
基因组注释包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测
。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。(2) 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上,找出编码基因位置,预测编码基因结构。或者通过专业的外显...
基因组注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
动植物基因组注释包括重复序列注释以及基因结构注释
,重复序列注释是注释中非常重要的环节,主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf注释的是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组...
什么是基因注释
?
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释
。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
斑马鱼
基因
敲除常规
流程
及关键步骤质控标准及
注释
答:
将3.2至少3尾亲本经交配,每组
一般
15~25尾,一般总量需到达40~50尾。3.4 F1确认 将3.3的F1饲养至2~2.5月龄,获得其尾鳍
基因组
,通过PCR后测序确认其
具体基因
型(要求必须是移码突变或出现提前终止密码子的突变)。四、最终交付产品 至少获得3尾以上移码突变F1代斑马鱼(不限雌雄、不限具体突变类型...
什么是基因注释
答:
转录组学,对测出来的序列进行分析,将基因及其功能加以挖掘、注释,这称作基因注释
。快速有效的基因注释对进一步识别基因,研究基因的表达调控机制, 研究基因在生物体代谢途径中的地位,分析基因、基因产物之间 的相互作用关系,预测和发现蛋白质功能,揭示生命的起源和进 化等具有重要的意义。
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
基于转录组预测(transcriptome-based prediction):通过物种的RNA-seq数据辅助
注释
,能够较为准确的确定剪切位点和外显子区域。每一种方法都有自己的优缺点,所以最后需要用EvidenceModeler(EVM)和GLEAN工具进行整合,合并成完整的
基因
结构。基于可靠的基因结构,后续可才是功能注释,蛋白功能域注释,基因本体论...
基因组注释
文件(二)| gff 和 gtf文件格式说明
答:
GFF和GTF是两种最常用的
基因组注释
格式,在信息分析中建库时除了需要fasta文件
一般
还会需要这两种文件,提取需要的信息进行注释。 GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件,现在我们所使用的大部分都是第三版(gff3)。 gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff的3个版本中信息都是相同的,只...
基因组注释的
介绍
答:
基因组注释
(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。
基因组注释的
系统方法
答:
COG) 等,编写了相应的模块进行自动操作,并把每一步
注释
结果导入数据库中。MGAP 整合
的一般
模块,可以被其他任何一种微生物
基因组
直接使用。不同实验室可根据实际研究需要,增加相应模块或数据,如蓝细菌Anabaena sp. strain PCC 7120 的蛋白质序列库等。基因识别是MGAP 的第一步,本系统采用微生物基因组...
关于人类参考
基因组
及
注释
文件,一篇就够了
答:
在GENCODE中,选择GTF/GFF3下载
基因组注释
,它们由9列组成,GTF以Tab键区分,便于传输。NCBI提供另一份GTF和GFF文件,解压后对比显示,NCBI的注释文件包含更多详细信息。虽然Gencode的注释文件可能稍少,但对于只关注编码基因的分析,差异可能不大。考虑到偏好,后续分析我倾向于使用NCBI版本的文件。综上,...
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简述基因注释的基本流程
请概述基因组注释的基本流程
真核生物基因组注释的流程
参考基因组没有注释的原因
基因注释啥意思
基因注释包括哪些内容
基因组组装注释
基因组分类及研究内容有哪些
有参基因组组装流程