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参考基因组没有注释的原因
...对于
没有参考基因组
信息的序列怎样进行
注释
,差异分析 ???_百度知 ...
答:
转录本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA。以前说转录本都是说表达蛋白的。现在LncRNA的研究多了,也说是一个转录本了。还有
没有参考基因组
序列的,一般是不可能去GO功能
注释的
。因为去功能注释的时候要有一个背景。
什么是
基因注释
?
答:
(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(2)通过相似性比对从已知基因和蛋白质序列得到间接证据;(3)基于各种统计模型和算法从头预测。对预测出的基因进行高通量功能注释可以借助于以下方法,利用已知功能
基因的注释
信息为新
基因注释
:(1)序列数据库相似性搜索;(2)序列模体搜索;(3)直系同源序列...
测序相关知识总结
答:
由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域
,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序,覆盖度是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。 RPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [...
参考基因组注释
为什么会有mRNA
答:
这个很正常,因为一个注释文件包含了很多种类型的注释
。以gff格式为例,第三列类型中包括“Gene” “cDNA” “mRNA” “exon”等。
动植物重测序--BSA
答:
1)
参考基因组
:参考基因组组装质量好坏以及
注释
是否完全对BSA结果有一定的影响。建议尽量选择组装至染色体水平,且基因组注释较完全的参考基因组。2)分离群体:理论上任何一对具有相对性状的亲本杂交后产生的分离后代都适用于集群分离分析法。但常用的分离群体为:F2代群体、回交群体、重组自交系、双单倍体...
基因
表达谱分析方法
答:
5、 Tag 标签的
注释
(含 cDNA,预测基因, EST,线粒体
基因组
,基因组等)本案例中,人的 2 万 7 千个基因中有 50~60%都被 Tag所覆盖。即一般的基因的 表达量差异被检测出来。 为了提高 Tag同基因关联的可信度, 我们仅仅选取了在 基因序列中唯一定位的 Tag。这部分唯一定位的 Tag占全部 Tag...
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
最近的推文将是一个大系列,目录就不放了,可能会有点多,主要涉及了基因注释,比较
基因组
学分析,基因家族分析等,大家看我博客的顺序就行。
基因注释参考
链接 (不得不说州更大神真的是植物生信方面的专家了)基因注释主要有三种策略 从头注释( de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构...
生信课程笔记10-变异的识别
答:
很多变异其实只是造成人类多样性
的原因
。 突变 ,指的是那些与疾病相关的变异。 举个例子:ENSEMBL等规定的人类
参考基因组
文件某位置是AAAAA,然后一个人实际测序得到的序列为AGCAA,那么相比于参考基因组,这个人就有2个变异位点。对于第2个位置,如果查看所有已知的测序,绝大部分人都是G,说明是...
转录组数据分析RNA-seq
答:
将质量控制后的读段与
参考基因组
或转录本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除基因长度和测序深度的影响。4.差异表达分析:使用统计模型比较不同条件或组别之间的基因...
基因组注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
动植物
基因组
注释包括重复序列注释以及基因结构注释,重复序列注释是注释中非常重要的环节,主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf
注释的
是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组...
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