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当前搜索:
蛋白fasta序列
生信常用数据格式:
FASTA
格式
答:
生物信息学世界里,
FASTA
格式堪称记录核酸或肽
序列
的文本语言,它的简约设计让每个分子都被编码成单个字母,如同生物序列的精炼版身份证。这一格式的诞生源于1985年David J. Lipman和William R. Pearson的里程碑式论文,他们开发的C语言程序FASTP,为
蛋白质
相似性搜索开辟了新路径。他们的工作随后演进,FASTA...
请问:已经知道
FASTA
格式的氨基酸
序列
,怎样找出这段序列所表示的
蛋白
序...
答:
进入NCBI 数据库 将此氨基酸
序列
输入 query senquece 区域, 同时输入你要找的生物物种的名称(你的
蛋白
是人的?还是大肠杆菌的) 进行blast 便可。
存放核酸
序列
和氨基酸序列数据的标准文件是___。
答:
存放核酸序列和氨基酸序列数据的标准文件是
FASTA
格式文件和FASTQ格式文件。但具体来说,FASTA主要用于存放序列的基本信息,而FASTQ则包含了序列的质量信息。以下是对这两种格式的详细解释。FASTA格式:FASTA格式是一种简单的文本文件,用于表示核苷酸序列或
蛋白质序列
。这种格式的特点是,每个序列都由一个以">"...
RNA-seq 的fastq及fsata格式
答:
fasta
格式是一种非常简单的储存
序列
的格式,可以储存核酸序列(DNA/RNA)也可以储存
蛋白质
的氨基酸序列(Amino Acid sequence,简称AA序列),主要分成2个部分。1是以“>”为开始的一行主要储存的是序列的描述信息;剩下的是序列部分,中间,前后都可以有空格。序列部分按照官方文档的说明应该是小于120就行...
求助保守
序列
查找,引物设计
答:
1:把你的基因名称粘贴在NCBI的
蛋白质
数据库中,进行搜索(这个比核酸数据库更保守一些)2:根据搜索到的结果,看下面列出的信息,有没有和你研究物种是近缘的(从分类上说的)3:下载10-20条左右的氨基酸
序列
(片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种)4:保存成
FASTA
格式,用MEGA软件(或...
uniprot怎么看
蛋白序列
是通过实验获得的
答:
1、首先打开官网,在搜索框前面的选择框中选择“gene”,在后面的搜索框中键入“CD47”,点击search。2、可以在弹出的新页面中查看搜索结果。你可以在这里看到各种相关基因的链接。这里选择单击CD47molecule[HomoSapiens(Human)。3、在弹出的网页上可以看到这种
蛋白质
的概要。4、往下拉,可以看到基因信息、...
生信中常用的文件格式认识(一)---
fasta
和fastQ
答:
fasta
格式形式如下图,由两部分组成。第一部分 :以大于号“ > ” 开头,接着是
序列
的标 识符“gi|187608668|ref|NM_001043364.2|”,然后是序列的描述信息。注意区分大小写,且不能出现空格,空格表示序列标识符结束;随后是序列的描述信息。所有来源于NCBI的序列都有一个gi号“gi|gi_identifier”...
分子模拟第一弹——基于SWISS-MODEL的
蛋白
三维结构预测
答:
预测工具 :SWISS-MODEL ( https://swissmodel.expasy.org/ ) 氨基酸
序列
:按照
FASTA
格式准备好自己的氨基酸序列 其中相似度值,即的序列同源性( sequence identity )经比对后结果在 40% 以上 ,则待预测
蛋白
与模板蛋白结构可能属于同一家族,即为同源蛋白,则...
...取出存储在另一个文件中的10个
蛋白质
ID的
Fasta
格式
序列
答:
/usr/bin/perl -wuse strict;#contact perlcoder weixinmy %hash;while(<DATA>){ if($_=~/\S+/) { } else { next; } chomp; my ($key)=$_=~/>(\S+)/; my $value=<DATA>; chomp($value); $hash{$key}=$value; }print $hash{'...
HOW查鼠源
蛋白
基因CDS区
答:
让我们深入了解他的发现之旅。首先,找到人源
蛋白
的基因查询之路,堪称轻而易举。在Ensembl中,只需键入目标基因,选择人源+GO选项,你便会看到一个丰富的转录本列表,犹如一道迷人的风景线。点击后,无缝对接到NCBI,只需简单几步,CDS区的
FASTA序列
就能轻松解锁,宛如一场轻松的小游戏。然而,鼠源蛋白...
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