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ncbi基因组注释
NCBI
中各个标注的含义
答:
4)NG_***:genomic mixed,不完整的基因组区域,提供
NCBI基因组注释
途径。比较有代表性有不转录的假基因或者哪些很难自行化注释的基因组簇;5)NM_***:mRNA mixed,转录组产物序列;成熟mRNA转录本序列;6)NP_***:protein mixed,蛋白产物;主要是全长转录氨基酸序列,但也有一些只有部分蛋白质...
【Bioconductor系列】利用Bioconductor包进行
基因组
变异位点
注释
答:
载入
注释
包 我们的VCF已经比对到
NCBI
的
基因组
,并且已知基因轨道来自于UCSC。这些机构对染色体有不同的命名传统。为了在匹配(match)或者重叠(overlap)操作用到这些数据,染色体命名方式(或者叫seqlevels)需要匹配。我们会修改txdb以匹配VCF文件.根据基因创建转录本列表 为TRPV基因创建基因范围 ScanVcfParam 对...
在
NCBI
上怎么找到一个
基因
的外显子和内含子?
答:
4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过mRNA和
基因组
的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。5.结果一目了然,10个外显子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列,并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上...
参考
基因组注释
为什么会有mRNA
答:
这个很正常,因为一个
注释
文件包含了很多种类型的注释。以gff格式为例,第三列类型中包括“Gene” “cDNA” “mRNA” “exon”等。
转录测序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分别是什么意思
答:
SwissProt数据库是检查过的、手工
注释
的蛋白数据库,我们将Unigene注释到SwissProt数据库,以得到更加高质量的注释结果。COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物,KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库包含了7个完整
基因组
的真核生物的直系同源家族...
NCBI
上
基因
名称具体含义
答:
Lily symptomless virus是物种名(病毒名)coat protein gene 说的是衣壳蛋白的
基因
complete cds 说的是整段 coding sequence isolate Xiamen 说的是厦门那个地方的isolate partial sequence 就是部分序列 cp gene for coat protein 构成衣壳蛋白的cp基因 genomic RNA。这个病毒是RNA病毒,所以是genomic ...
怎么在
ncbi
查找犬类的全
基因组
答:
网页链接 在
ncbi
页面搜索,左边选择genome, 右边输入你的物种名,搜索,会出现一个页面,上面显示相关物种的进化树,点开你需要的物种名,出现相关信息,点击其在ncbi的序列号,就可以看到
基因组
信息了,前提是有这个物种的全基因组信息。详细如下图 ...
NCBI
上有的
基因组
代表是已经报道过了?
答:
基因组
数据一般都会被收录到某些数据库,当然也有些物种是独立的网址数据库。
NCBI
全称国家生物技术信息中心是隶属美国国家卫生研究所的国家医学图书馆(NLM)的分部。NCBI拥有包括大约40个在线文献和分子生物学数据库。数据库和资源分为七个概念领域:文献,基因组,变异,健康,基因和基因表达,核苷酸,蛋白...
ncbi
上
基因组
统计结果中的l50代表什么意思
答:
l50不同于n50;简单来讲,l50侧重条数统计,n50偏重长度统计。下面是wiki给出详细解释:详细请参考:https://en.wikipedia.org/wiki/N50,_L50,_and_related_statistics
生物信息学的实际应用有什么?
答:
基因组注释基因组注释
是将已知的基因和基因组元件与新的基因组数据进行比对和整合,确定基因的准确位置、边界、外显子和内含子等信息的过程。生物信息学中主要的基因组注释工具包括
NCBI
RefSeq、Ensembl和UCSC Genome Browser等。这些工具可以将基因组数据与各种数据库进行比对和整合,提供全面的基因组注释信息...
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