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基因组的功能注释包括
后
基因组
时代出现了哪些组学?
答:
1、功能
基因组
学 是基因组时代的核心和焦点。其所要解决的问题
包括
如何识别基因组组成元素及
注释
重要元素
的功能
。已经知道,蛋白质是生命状态的直接体现。与低等生物不同的是,人类基因序列中只有约5%的序列是编码区(指导合成蛋白质),这部分基因组元素被称为"开放阅读框架(ORF)",预测所有ORF并研究...
对peak进行
功能注释
的GREAT
答:
GREAT是一款peak区间进行
基因注释
的工具,除了给出peak对应的基因外,还集成了多种基因
的功能
分析,网址如下 目前该在线工具只支持以下几个物种 在使用时,还需要注意对应的
基因组
版本。 用法比较简单,选择对应的基因组版本,然后上传对应的BED格式的peak文件即可 ,示意如下 结果展示如下,给出了peak关联...
矫正
基因
结构
注释
- 做有良心的基因家族分析
答:
在半个月前的讲演中,其实也已经讲过了,用在线网页工具softberry就可以了,以上图的 Aco005453.1为例,基于motif pattern和domain info,可以明显地看出来,其缺少的是5端,GRAS结构域也被截断了( 注意,这个在几乎所有物种的
基因组
结构
注释
文件都会出现,因为软件永远不可能保证绝对的准确,至少目前这个...
植物
基因组
测序的用途?
答:
通过生物信息手段,分析不同个体
基因组
间的结构差异,同时完成SNP及基因组结构
注释
。 DNA突变可诱发癌症。吸烟过程中所释放的>60种致癌化学物质可与DNA结合并对DNA链上的鸟嘌呤和腺嘌呤进行化学修饰从而产生大的加合物,该加合物改变了DNA双螺旋的结构;如果不被核苷酸剪切修复或其他的途径进行纠正,那么...
哪个软件可用于
基因组注释
之前判断基因
的
组装完整度
答:
BUSCO。BUSCO可以单拷贝同源基因,所以BUSCO可用于
基因组注释
之前判断基因的组装完整度。基因组注释是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是
功能基因组
学研究的一个热点。
宏
基因组
测序流程
答:
问题二:宏
基因组
测序需要dna浓度多少 宏基因组是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以获得单个样品的饱和数据量,可进行微生物群体的基因组成及
功能注释
,微生物群体的物种分类,多样性分析,群落结构分析,样品间的...
如何根据
基因
测序分析结果找通路
答:
动植物
基因组
De novo测序分析也叫从头测序分析,指不依赖于任何参考序列信息就可对某动植物进行测序分析,使用最新的生物信息学方法进行序列拼接获得某物种的基因组序列图谱,并进行基因组结构注释、
功能注释
、比较基因组学分析等一系列的后续分析。三代测序技术(以PacBio和Nanopore为代表)具有读长长...
基因
测序reads是什么意思
答:
差异表达分析: 通过比较不同样本中的reads数量,可以进行差异表达分析,识别哪些基因在不同条件下表达发生了显著变化。这对于研究基因在不同生物学过程中的作用非常关键。
功能注释
和变异分析: 在
基因组
学研究中,reads数量也用于进行功能注释和变异分析。更多的reads数量可以提供更高的统计可信度,有助于...
测序reads数量
有什么
含义啊?
答:
差异表达分析: 通过比较不同样本中的reads数量,可以进行差异表达分析,识别哪些基因在不同条件下表达发生了显著变化。这对于研究基因在不同生物学过程中的作用非常关键。
功能注释
和变异分析: 在
基因组
学研究中,reads数量也用于进行功能注释和变异分析。更多的reads数量可以提供更高的统计可信度,有助于...
基因组注释
文件(GTF/GFF)格式介绍
答:
基因组注释
文件GTF/GFF格式的介绍 GFF 2 -> GTF -> GFF 3 The GTF (General Transfer Format) is identical to GFF version 2 GTF其实就是GFF版本2 其格式为(每个数字代表一列,总共9列)1. seqname - (染色体...
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