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基因组的功能注释包括
干特表是什么?
答:
干特表(Gene Data Retrieval and Analysis Tool,简称GeneDART)是一种生物信息学工具,用于查询和分析基因序列、
基因功能
和
基因组
数据。它提供了一系列功能,
包括
BLAST搜索、手动序列比对、多序列比对、ORF 预测、保守区分析、SNP 分析、基因本体论分析等。干特表可以帮助研究人员分析和
注释基因
序列,为...
GO和Pathway富集分析的背景
基因
集
答:
例子中,10个基因是确定的;使用全
基因组注释的
基因是6442;若是检测中只检测到5000个基因,那么Background gene集选用5000,背景频率也会变化(100 个DNA修复相关的基因都被检测到了),在统计检验时P值大小也会变化。除此之外,100 个DNA修复相关的基因也可能不会全部都在检测结果中。GO term或Pathway...
宏
基因组
文库插入片段长短有何解释
答:
宏
基因组
是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以获得单个样品的饱和数据量,可进行微生物群体的基因组成及
功能注释
,微生物群体的物种分类,多样性分析,群落结构分析,样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究...
细菌基因组测序完毕后进行
基因组注释
需要耗时多久
答:
做全
基因组
测序前,需要检测dna浓度和纯度宏基因组是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以获得单个样品的饱和数据量,可进行微生物群体的基因组成及
功能注释
,微生物群体的物种分类,多样性分析,群落结构分析,样品间...
微生物
基因组的
目录
答:
译者的话序前言编著者第一部分:引言1 微生物基因组学的历史第二部分:作为基因组学工具的生物信息学2 寻找基因和全基因组比较的工具3 TIGR的细菌
基因组注释
4 生物信息学与微生物致病作用5 噬菌体生物信息学第三部分:核心
功能
6 微生物代谢比较7 膜转运蛋白的基因组学分析8 用基因组学分析细菌细胞...
全
基因组
测序
有什么
意义?
答:
测序应用 通过生物信息手段,分析不同个体
基因组
间的结构差异,同时完成SNP及基因组结构
注释
。 DNA突变可诱发癌症。吸烟过程中所释放的>60种致癌化学物质可与DNA结合并对DNA链上的鸟嘌呤和腺嘌呤进行化学修饰从而产生大的加合物,该加合物改变了DNA双螺旋的结构。如果不被核苷酸剪切修复或其他的途径进行...
在
基因组
中有多个
注释
到某一基因怎么区分
答:
2、下载同版本的
基因组注释
文件。3、 比较1和2中的基因组位置关系,并找出来未被基因组注释的EST。这时候应该还剩下上千条,其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA,当然一小部分是基因间区的非编码RNA。4.、将affimetrix的probe sequence用blast比对到这些非编码RNA中。建议先找找关心的事情是否有...
生物信息学常见的数据格式
有哪些
?
答:
2.GenBank格式:GenBank是NCBI(美国国家生物技术信息中心)开发的一种用于存储核酸序列的标准格式。它与FASTA格式类似,但
包含
了更多的元数据信息,如序列长度、描述等。3.GFF格式:GFF(GeneralFeatureFormat)是一种用于表示
基因组注释
信息的文本文件格式。它由三部分组成:头部行、记录行和尾部行。头部行...
如何研究lncrna与mrna的关系?
答:
虽然近年来随着
基因
芯片及第二代高通量测序技术的广泛运用,lncRNA不断被发现,但此类转录本的确切功能还未知。目前市场上的lncRNA芯片通常将lncRNA与mRNA设计在一起,RNASeq数据中也
包含
lncRNA, mRNA序列,因此可以通过分析lncRNA与mRNA表达相关性对lncRNA进行
功能注释
。 \x0d\x0a2.分析流程图\x0d\...
已经做完细菌的全
基因组
测序,怎么能够找到我要的某个基因的代谢路径呢...
答:
一般都能找到。如果找不到,有可能是关键字不对或者
基因组
中没有这样的代谢通路
功能基因
。一般现在的科技服务公司如果做了kegg pathway数据库注释的话,都会做代谢通路图
的注释
,可以从结果文件中的代谢通路图查找,找到想要的代谢通路图后,再分析哪些基因在基因组上存在。
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