蜂蜜最好装在陶瓷罐或玻璃容器中。 蜂蜜是一种弱酸性食品，存放蜂蜜的容器最好用玻璃或陶瓷器皿，不要用铁、铅等金属器皿储存，以免游离重金属污染蜂蜜。用无毒塑料瓶存放的蜂蜜，时间也不宜过长。装入容器的蜂蜜，最好加盖密封，避免与潮湿空气接触，以免发酵。应放在清洁、阴凉通风的地方，最好放在冰箱里保存，注意避免污染。
蜂蜜是含有多种营养成分的葡萄糖、果糖过饭和溶液。由于葡萄糖具有容易结晶的特性。因此，分离出来的蜂蜜，在较低的温度下，放置一段时间，葡萄糖就会逐渐结晶。其结晶的速度与其含有的葡萄结晶核、温度、水分和蜜源有关。如果要把结晶的蜂蜜融化开，可以把装蜂蜜的罐子放进开水锅里加热，不可把蜂蜜直接放到火上烧烤。值得注意的是，当蜂蜜被加热到37℃-40℃时，就会丧失它的治疗功效，因此注意不要热得过火。
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