首先，对于一个普通二本学校的学生来说，毕业设计题目《基于单片机的无刷直流电动机控制系统设计》的难度应该是中等偏上。这个题目涉及到单片机、无刷直流电动机、控制系统的相关知识和技能，需要学生具备一定的电子、电气和控制理论知识，同时还需要掌握一定的编程和调试技能。因此，对于一些没有接触过相关领域的学生来说，可能会有一定的难度。
难点主要在于以下几个方面：
无刷直流电动机的工作原理和控制方式比较复杂，需要学生深入理解其工作原理和控制系统的工作流程。
单片机的选型和使用需要有一定的编程和调试技能，对于没有接触过相关领域的学生来说，可能需要花费一定的时间来熟悉单片机的使用方法。
控制系统设计需要考虑到多种因素，如电动机的特性、控制精度、响应速度等，需要进行精细的设计和调试。
对于建议，可以从以下几个方面入手：
多阅读相关文献和资料，了解无刷直流电动机的工作原理和控制方式，以及单片机在控制系统中的应用和调试方法。
提前准备并熟悉相关知识和技能，如单片机编程、电路设计、控制理论等，以便更好地完成毕业设计。
与老师和同学进行交流和讨论，寻求帮助和支持，共同解决问题。
注重实验和实践，通过实验来验证控制系统的可行性和稳定性，同时也可以通过实践来加深对相关知识和技能的理解和掌握。