四合院的结构不是凭空出现的，它是由古建筑缓慢演变而来的。四合院建筑最早起源于历史悠久的黄河流域，它是典型的木构架建筑，是中国传统建筑形式的典型代表。传统的四合院建筑基本采用“中轴对称，前堂后室，左右两厢”的建筑格局。
方形建筑可以算是早期建筑的代表。发掘于河北省武安县的磁山文化遗址是黄河流域早期农耕文化的代表，其远古文明可以追溯到距今约7060～7355年前。村落由一座座半地穴式建筑构成，平面多为不规则的圆形，面积约6～8m2。到了距今约4800～6700年的仰韶文化时期，方形房屋逐渐在黄河流域占据了统治地位，房屋面积扩大为20m2左右，建筑平面形式发生了由圆到方的演变。
在仰韶文化时期的半坡遗址中，出现了一类体量较大的建筑，考古学家称其为“大房子”。“大房子”的进门是一个大空间，内设火塘，可能是聚会或举行仪式的场所。后部划分为3个小空间，仍为生活起居的卧室。这种前部厅堂、后部卧室的布局，是目前所知最早的一个“前堂后室”的实例。仰韶文化晚期，村落联合体中心村落开始出现前后和左右分间的房屋。发掘于渭水上游秦安大地湾遗址中心村落的“原始殿堂”，就是多空间的复合体建筑。主室呈东西展开的长方形，左右近后山墙各有一大柱，形成轴对称格局。至此，“中轴对称，前堂后室，左右两厢”格局基本形成。
在4000年前左右的铜、石并用时代，建筑布局中开始出现了院落。对于由简单的单体建筑发展成为群体建筑这一演变过程来说，院落的出现是一个重要阶段。院落起初只是作为房屋之间的空隙，到了西周时期，院落开始与单体建筑结合，形成了布局严谨的四合院建筑。发掘于陕西岐山的凤雏村遗址具有明确的中轴线，其上由外而内依次排列着影壁、大门、庭院、前堂和后室，东西两侧为通常的厢房。“中轴对称，前堂后室，左右两厢”的建筑布局说明早在周时期已经实现了单体建筑向群体建筑的演化。
陕西岐山凤雏村建筑格局。春秋时期，中国进入封建社会，代表地主阶级的士大夫阶层和城市的商人们为满足生活需要，促进了居住建筑更广泛的发展，使得四合院建筑逐渐趋于规范化和定型化。《仪礼》一书记载了当时士大夫的住宅制度:住宅的大门为3间，中央明间为门，左右次间为“塾”，门内为庭院，上方为“堂”，为生活起居、会见宾客、举行仪式的地方;堂的左右为“厢”，“堂”后为“室”。
汉代的四合院组合规制整然。在四川出土的汉代画像砖可见回廊与重楼，晋代主屋两侧有东堂、西室的横列形式，其后住宅规模有所发展。7世纪初期，唐代建立起强大的帝国，促成中国历史上的文化高潮，建筑艺术也不例外。乡村中的三合院和四合院为了更有效利用面积，在院子周围建造房屋;统治阶级的大型住宅仍沿袭六朝以来的传统方法，使用不经济的回廊，宋代四合院的院落更加复杂，院子周围往往用廊屋代替木质的回廊，因而房屋的功能与结构以及四合院的造型都发生了变化，并且住宅与园林的结合更加密切。四合院式的住宅出现后，直到清末，中型与大型住宅大多采用回廊和围墙包围起来的封闭式布局，宫殿庙宇及其他建筑也大都采取同样的方法。
四合院的布局原则，除某些例外，基本沿用下来，变动不大。但在技术方面，梁架装修雕刻和彩画等技术不断推陈出。新。东汉时期已使用了砖墙，并且为了缓和屋溜与增加室内光线，汉代的屋檐结构采用了向上反曲，屋角反翘的形式。五代十国的割据局面使黄河流域受到很大的破坏，但江浙一带战争较少，经济与文化相当发达，住宅方面，为防止雨雪和日晒，在屋檐下加木质的引檐。宋代，格子门有了充分的发展，固定的直棂窗逐渐改为可以启闭的阑槛钩窗。当时的门窗和彩画的构图都盛行几何花纹，退晕也有了长足发展，这些使四合院的装饰更加丰富。
至此，四合院的结构基本形成，我们现在看到的四合院基本大都是明清、民国时期的作品。
对于四合院的优点，文献中较少记载，无非是和其他古建筑一样，想要作为文化遗产传承下去。
然而缺点倒是蛮多的。自建国以后，北京的人口数量大幅度增加，人口密度不断增大。原来只住一家人的四合院内，盖满了住房或小厨房，住户达到了两三家甚至几十家。原来古老的四合院在残破中走向衰败，院子消失了，只剩下莫名其妙的大杂院了。由于房间数量缺乏，四合院原本基础设施不完备等问题，居民的生活条件急剧恶化。大杂院内的居民生活相对困窘，导致许多建筑年久失修，危旧房数量增多，存在着严重的火灾隐患。
而且指出四合院的缺点、力主拆四合院的并不是别人，恰恰就是居住在四合院里的人。著名作家王朔也是老北京四合院里长大的人。对于四合院的评价有如下一段话：打小在北京的胡同长大，丝毫也感受不到诸位的浪漫情怀。胡同及两侧的四合院，大多又脏又臭，最不可忍的乃是厕所，即使天寒地冻，北风呼啸，也不得不披星戴月提着裤子跑到街上蹲公厕。像这种令人咬牙切齿的存在，若不以推土机一夜间全部推倒了事，实不足以平民愤。
四合院由东、西、南、北，四面房围合起形内院式住宅。北京四合院作北京世代居住主要建筑形式驰名外世皆知。
首先历史十悠久自元代式建都北京规模规划建设都城起四合院与北京宫殿、衙署、街区、坊巷胡同同现据元末熊梦祥所著《析津志》载：都街制自南至于北谓经自东至西谓纬街二十四步阔三百八十四久巷二十九巷通其四合院构独特处院落宽绰疏朗四面房屋各自独立游廊连接彼起居十便；封闭式住宅使四合院具强私密性关起门自；院内四面房门都向院落家美相亲其乐融融；宽敞院落植树栽花、饲鸟养鱼、叠石迭景居住者尽享自美外四合院虽居住建筑却蕴含着深刻文化内涵华传统文化载体四合院营建极讲究风水风水说实际古代建筑环境传统建筑理论重要组部；四合院装修、雕饰、彩绘处处体现着民俗民风传统文化表现幸福、美、富裕、吉祥追求蝙蝠、寿字组图案寓意福寿双全；花瓶内安插月季花图案寓意四季平安。
