政府会计科目分别是财务会计类会计科目和预算会计类会计科目。财务会计类会计科目包括五种，分别是资产类科目、负债类科目、净资产类科目、收入类科目、支出类科目。预算会计类会计科目又分为以下三种预算收入类、预算支出类、预算结余类会计科目。
1、资产类科目
往来款项中，行政单位会计只有一个“暂付款”科目，而事业单位会计则有“应收票据”“应收账款”“预付账款”和“其他应收款”四个科目。
这是因为行政单位往来业务内容比较单一，包括行政单位在业务活动中与其他单位、所属单位或本单位职工发生的临时性待结算款项，在会计核算中简化为暂付款项的核算，而事业单位的往来款项科目同企业会计一样。
行政单位的存货仅有“库存材料”一项，而事业单位有“材料”和“产成品”两个科目。
2、负债类科目
行政单位与事业单位负债类科目不同之处在于，行政单位“暂存款”科目对应事业单位“借入款项”“应付票据”“应付账款”“预收账款”“其他应付款”“应交税费”等科目。
行政单位在业务活动中与其他单位和个人发生的待结算款项都纳入“暂存款”科目核算，包括临时暂存（存入的押金、保证金等）和应付未付款项、不明性质的资金以及受到外单位委托办事的资金等，而且对于暂存款，应及时清理结账，不得长期挂账。
而事业单位“借入款项”是指事业单位向财政部门、上级单位、金融机构借款和向其他单位借入有偿使用的各种款项；事业单位通过市场交易形成的负债用“应付票据”“应付账款”“预收账款”科目核算。
3、净资产类科目
净资产是指资产减去负债后的差额。行政单位净资产类科目包括“固定基金”和“结余”两个会计科目。
固定基金是指行政单位固定资产所用的资金，固定基金的数额与固定资产的数额始终是相等的。结余是行政单位各项收入与支出相抵后的余额，正常经费结余和专项资金结余应分别核算。
而事业单位净资产除固定资产的净资产形态用“固定基金”表示外，还包括“事业基金”“专用基金”“事业结余”“经营结余”和“结余分配”等五个会计科目。
事业单位用事业基金来核算其所拥有的非限定用途的净资产，用专用基金来核算事业单位按规定提取的有专门用途的资金。
4、收入类科目
行政单位收入类科目包含“拨入经费”“预算外资金收入”“其他收入”三个会计科目，而事业单位收入范围非常广泛，包含“财政补助收入”“上级补助收入”“拨入专款”“事业收入”“经营收入”“附属单位缴款”“其他收入”等多个科目。
两者之间具体的区别包括：
由财政部门或上级单位拨入的预算经费，行政单位计入“拨入经费”，事业单位则计入“财政补助收入”；为核算上级单位拨入的非财政补助资金，事业单位设置“上级补助收入”科目。
财政部门、上级单位或其他单位拨入的有指定用途需多带报账的专项资金，事业单位计入“拨入专款”科目。
因事业单位有市场取得的收入，因而分别设有“事业收入”“经营收入”科目；按规定从财政专户核拨下来的预算外资金以及部分经财政部门核准不上缴预算外资金财政专户的预算外资金。
事业单位将其并入“事业收入”核算，而行政单位则多带设置“预算外资金收入”科目来进行核算。
5、支出类科目
行政单位支出类科目包括“拨出经费”“经费支出”“结转自筹基建”三个会计科目，而事业单位设置了“拨出经费”“拨出专款”“专款支出”“事业支出”“经营支出”“成本费用”“结转自筹基建”等多个科目。
行政单位的“拨出经费”对应事业单位“拨出经费”“拨出专款”两个科目，用来核算单位按核定预算将财政或上级单位拨入经费转拨给下属单位的预算资金或专项资金，因为只有在采用实拨资金方式时才会有这类业务。
因而在国库集中支付制度下这类科目基本不再使用；行政单位的“经费支出”对应事业单位“专款支出”“事业支出”“经营支出”“上缴上级支出”“对附属单位补助”等多个科目，来对单位为完成各项业务活动所发生的支出进行核算。