一、简单来讲万物都是由分子构成的 但表面来说也可以说是由各种不同的元素组成的。
二、详解：
从人类现代科学前沿的认识看，组成世间万物的东西（大致）是最最原始的是超弦（科学界目前不把这个东西定义为物质，而视其为能量）振动产生的“波”。
再往上一级是各种夸克（
古典哲学中认为这些都是能量）、
再往上是质子中子电子等亚原子粒子（古典哲学中认为这些都是能量）、
再往上是
化学元素周期表上的这些原子（古典物理学认为的最小物质单位）、
再往上就是分子（单独存在、保持
化学性质最小粒子了，古典哲学仍然认为这个层面的东西是能量，因为肉眼看不到）。
再往上，是肉眼能够看到的东西，这才是古典哲学家概念中的物质了。
所以，这个问题涉及到：物质的定义、能量的定义、以古典还是以现代为准、以物理学还是以哲学为准。总之比较复杂。
以当前物理学前沿的结论是：物质是由超弦产生的振动构成。
按经典物理学则是：物质由原子组成。