1.年龄
乳腺癌患者的年龄和停经期状态对预后的重要意义仍有争议。年纪较小者预后很差、预后很好或者根本没有关系，造成这些差异可能由于患者的选择不同、年龄段不同及其他因素，包括组织高等级、血管侵犯、广泛原位癌成分、类固醇受体阴性,高度增殖和TP53 异常。在两项35岁以下的大样本研究中发现，淋巴结阳性率增加。
2.妊娠
妊娠期间乳腺癌的发展一般预后不良，然而,这是否为独立因素结论不一。可能或多或少与年龄小有关，肿瘤往往到晚期才被发现，因为在妊娠或泌乳期乳腺肿瘤小不能触及。因乳腺癌治疗的妊娠妇女其预后不受影响。
3.形态学因素
尽管受到基因表达谱的挑战，传统病理学指标（淋巴结状态、肿瘤大小及组织学类型）和组织学分级仍是乳腺癌最有价值的预后指标。
4.淋巴结状态
腋窝淋巴结的状态是乳腺癌患者最重要的单一预后因素。很多研究表明，治愈和整体生存率随淋巴结转移率的增加而降低。尽管所有研究中有百余个患者显示微小转移与治愈和/或整体生存率显著降低明确相关，但微小转移和淋巴结内散在肿瘤细胞的临床意义仍存在争议，特别是那些依靠免疫组化特异性识别的肿瘤细胞，近10%～20%的患者在常规病理检查中没有发现淋巴结转移，但经连续切片检查和/或免疫组化染色上皮标记物明确有肿瘤细胞。然而，目前推荐的常规连续切片和/或免疫组化评估是否有淋巴结转移显然还不够成熟。
5.肿瘤大小
肿瘤大小是一个重要的预后因素。即使对于1 cm甚至更小的乳腺癌患者（T1a和T1b）而言，肿瘤大小仍是腋窝淋巴结侵犯和预后的重要因素。然而,病理上肿瘤大小的报告方式不同，一些病理学者报告肉眼大小，一些报告包括浸润癌和原位癌成分在内的显微镜下大小, 其他的只报告包括浸润癌部分的显微镜下大小。肉眼检查测量的肿瘤大小与镜下测量的浸润癌大小相差较大。浸润癌部分在临床上很显著，因此病理分类用的肿瘤大小（pT）仅限于浸润癌的测量。当肉眼与镜下测量浸润癌大小有差异时，应该在病理报告中注明并用镜下值进行病理分期。
6.组织学类型
乳腺癌的一些特殊类型临床预后非常好，包括导管型、浸润性筛状型、黏液型以及腺样囊性癌，有些作者认为还包括导管小叶癌和乳头状癌。1.1～3.0 cm大小的特殊类型肿瘤20年无瘤生存率与<1 cm的非特异型导管浸润癌相近（分别为87%和86%）。髓样癌的预后意义尚存争议（见髓样癌）。
7.组织学分级
建议将所有乳腺浸润癌分级，不考虑其形态学类型。但部分病理学家对此提出疑议，认为特殊类型肿瘤，如单纯导管型、浸润性筛状型、黏液型、髓样癌及小叶浸润癌，不适于分级。例如，多数小叶浸润癌尤其是经典型被定为2级，但其总生存曲线要高于2级中的其他类型。黏液型和混合型的分级比单纯分型更有预后意义。高级别（低分化）肿瘤远处转移发生率很高，预后更差，与淋巴结形态和肿瘤大小无关。甚至对于1 cm以内的乳腺癌分级也有预后价值。结合组织学类型和分级比单纯组织学分型能提供更准确的预后评估。组织学分级还能在化疗反应性方面提供有益的信息，既是一项预后指标，又是一项预测因素。有研究提示，组织学高级别比低级别对某些化疗方案反应性更好，但尚需进一步的研究来明确。
8.肿瘤细胞增殖
增殖标记物已被广泛应用于预后评估。计数核分裂象是组织学分级的一部分，其他方法包括 DNA 流式细胞检测S期分数（SPF），许多研究指出高SPF与疗效差有关。Ki-67/MIB-1 是不稳定的非组蛋白核蛋白，在细胞周期G1到M期中可检测到，而在静止期细胞检测不到，因此是生长分数的直接指标。Ki-67阳性细胞百分率可将患者分为预后好和差。定量RT-PCR和芯片检测mRNA水平用于定量。
9.淋巴管和血管侵犯
淋巴和血管侵犯是一项重要而独立的预后因素，特别是T1期无淋巴结转移的乳腺癌患者。它的主要价值在于判定腋窝淋巴结转移的风险和不良预后。与组织学分级相似，病理医师判断淋巴管侵犯的重复性受到挑战，如果使用严格的标准则结果可能有改进。淋巴管侵犯必须与肿瘤细胞巢相区别，这些细胞巢位于由于组织处理时间质退缩而产生的人为组织间隙中。有报道血管侵犯对临床预后不利，但报道的范围非常广泛，从不到5%到近5O%。这是由于多种因素所导致，包括病例数、所用的标准和方法以及判断血管的难度。
10.神经周围浸润
在乳腺浸润癌中有时可见神经周围浸润现象，但这不是一个独立的预后因素。
11.肿瘤坏死
多数研究认为，出现坏死与临床进展不佳有关，只有一项研究认为坏死仅与诊断之后最初2年的预后差有关。12.炎细胞浸润
有研究发现，高级别肿瘤中有显著的单个核细胞浸润，但其预后尚存争议，有些研究发现对临床结果不利，其他则提示没有影响和有好的影响。
13.肿瘤间质
有关间质硬化的报道不一，预后良好、预后不好或与预后无关均有报道。浸润癌中央出现纤维性病灶提示预后不良。
14.结合形态的预后因素
怎样综合分析组织学预后因素仍是尚未解决的问题。Nottingham预后指数根据肿瘤大小、淋巴结形态和组织学分级将患者分为预后好、中、差三组，年死亡率分布为3%、7%和30%。另一项预后指数是根据肿瘤大小、淋巴结形态和核分裂指数来评估（以形态为中心的预后指数）。
