法律分析：没有关系。档案工资是指参加工作后按照国家政策给予定级后的岗位级别工资和薪级工资；实际工资是指在单位工作，获得的实际劳动报酬。档案工资仍有其存在的必要性，如：档案工资是作为缴纳各项保险的基数、工作人员调动和退休时的工资依据等。因此，档案工资与实际工资分离后，应有专人对档案工资进行管理。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第九十条 社会保险费征收机构擅自更改社会保险费缴费基数、费率，导致少收或者多收社会保险费的，由有关行政部门责令其追缴应当缴纳的社会保险费或者退还不应当缴纳的社会保险费；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。