马拉松运动中受伤的原因多种多样，损伤的主要原因是：训练水平不够，身体素质差，动作不正确，缺乏自我保护能力，运动前不做准备活动或准备活动不充分，身体状态不佳，缺乏适应环境的训练，训练及比赛场地不平整，以及赛前大运动量恢复不当等等。马拉松运动过程中常见的损伤主要有以下几种：
（1）关节扭伤主要为踝关节扭伤，损伤的主要原因是技术掌握不好、协调性差，疲劳产生体力差，准备活动不够、场地不平、跑姿不当等，预防原则是：准备活动充分、循序渐进，让自己速度放慢，不在不平坦的地面上长时间进行跑步练习。
（2）重力性休克主要原因是运动时血液都供应下肢、突然静止运动时静脉回流不够，脑缺血缺氧，产生脑贫血而发生晕厥，预防办法是，马拉松运动后，不要马上停止运动，慢跑或者慢走一段时间再慢慢停下。
（3）运动中腹痛运动中腹痛的原因主要是肝脏淤血、呼吸肌痉挛、胃肠道痉挛或功能紊乱以及腹内外疾病。对因腹内或腹外疾病所致的腹痛，主要根据原发疾病进行相应的治疗（药物、理疗、局部封闭等）。对仅在运动时加快速度后才出现腹痛的运动员，首先要全面加强身体素质训练和专项技术训练。运动中腹痛出现后，可适当减慢速度，并做深呼吸，调整呼吸与动作的节奏。必要时用手按住疼痛部位，弯腰跑一段距离，一般疼痛即可消失。如仍有疼痛，针刺或点掐足三里、内关、三阴交等穴位，配合腹部热敷等，如无效果请医生处理。
（4）小腿抽筋在比赛中有时会出现小腿肚抽筋现象，原因是准备活动做得不充分，比赛时肌肉从静止状态突然进入比较剧烈的运动状态，小腿肌肉不能马上适应，尤其在气温比较低的情况下，受到寒冷刺激或由于身体大量出汗带走许多盐分而引起小腿抽筋。因此，赛前准备活动一定要做得充分，要达到身体发热的效果，天气冷时要适当延长准备时间，还要注意小腿保暖。比赛中若出现小腿抽筋的情况应该马上减慢速度逐渐停下来，然后伸直膝关节，同时用力将踝关节充分背伸，拉长痉挛的腓肠肌。牵引时切忌用力过猛，用力宜均匀、缓慢，以免造成肌肉拉伤。如不能缓解应进入救护站处理。