如果双方没有协议仲裁管辖的协议约定，南平仲裁委员会是不能立案受理的。如果已经立案受理，就是不合法的，被仲裁方可以提出异议，要求驳回仲裁申请。
法律分析
根据相关法律的规定仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。仲裁协议应当具有下列内容：(一)请求仲裁的意思表示；(二)仲裁事项；(三)选定的仲裁委员会。有下列情形之一的，仲裁协议无效：(一)约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；(二)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；(三)一方采取协迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。合同纠纷发生后，争议的任何一方均可按照双方在争议发生前或发生后订立的仲裁协议，依法向选定的仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁要符合下列内容：有仲裁协议。仲裁协议既是当事人授权仲裁机构解决争议的依据，也是排除法院司法管辖权的依据。因此，当事人之间订有仲裁协议是当事人申请仲裁的必要前提，如果没有仲裁协议，而只有一方当事人的仲裁申请，仲裁委员会不得受理。有具体的仲裁请求和事实、理由。即申请人请求仲裁委员会予以保护的合法权益以及要求被申请人履行实体义务的具体内容。当事人申请仲裁后，其所提出的仲裁请求是否合理，所依据的事实是否真实，理由是否正确，需要由仲裁委员会进一步确定，当事人提出仲裁申请时，只要提出具体仲裁请求和事实、理由即可。
法律依据
《中华人民共和国仲裁法》 第四条 当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
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